初次感染后和结核病的发生可相距数年或数十年,细菌长期在组织中存活,从而提出分枝杆菌持留菌的概念。有人认为,这些细菌处于代谢低落状态或休眠菌,可能是对于低氧的一种适应反应;另一些人则主张这很少量的细菌仍处于主动复制(繁殖)状态,只是它们被同样速率的免疫防御机制所消灭。持留菌的状态学和代谢特征存在争议,抗酸染色特性消失被很多研究者观察到,与有氧环境下的分枝杆菌代谢不同,乙醛酸代谢支路的启动和活跃可能是持留菌的特点之一。持留菌与休眠菌在概念和界定上目前并未统一,但有一个现象为众多研究者所公认,即异烟肼单药治疗能长期预防结核病的复燃。