商学院前身是原南通工学院经济贸易系，始建于1994年。2004年在三校合并改革实践中，以原南通工学院经济贸易系为基础组建了商学院。组建以来，学院在原有专业基础上，不断拓展新专业，现有国际经济与贸易、会计学、工商管理、人力资源管理、市场营销、电子商务、物流管理等7个本科专业，拥有经济学、管理学学士学位授予权。
学院现设有国际经济与贸易、会计学、工商管理、人力资源管理4个教研室，1个实验中心，1个图书资料室和1个沿海经济研究所。实验中心下设金蝶ERP实验室、金融工程实验室和正在筹建的电子商务实验室。图书资料室现有藏书2900余册，订阅期刊300余种。
现有教职工81人，专任教师65人，其中教授4人，副教授8人，专任教师高职比18。5%。具有博士学位6人，硕士学位46人，具有硕、博学位教师占专任教师总数的80%。另有6名专业教师为在读博士（其中3名年内可获得博士学位），师资队伍发展呈现良好趋势。
专任教师中有江苏省中青年有突出贡献专家1人，江苏省“333人才培养工程”第二层次培养对象1人，甘肃省“555人才培养工程”第二层次培养对象1人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养对象2人，南通市专业技术拔尖人才1人，南通市新世纪学术技术带头人2人，并有2人作为访问学者，先后到英、日两国开展科研工作。
学院牢固确立科研为教学和地方经济建设服务的方针，出台了一系列鼓励教师开展科研工作、提高教学水平的政策，科研工作取得了较大的进步，有力地支持了本科教学工作，促进了人才培养质量的提高。科研经费总额在学校文科学院中名列前茅。
2004至今，建立校级重点学科（国民经济学）1个，承担各类科研项目60多项，其中省部级及以上项目5项，发表论文200余篇，其中核心期刊50余篇，获省（部）级科研奖励2项，市（厅）级科研奖励12项。
学院重视对外交流，不断引进国内外优质的教育资源和先进的教育思想。
近年来在学校的支持下，先后与美、日、德、澳等国家的高校建立了合作办学关系，对外交流形式和项目不断扩大。一批省内外知名学者、企业家先后来学院讲学，其中一部分担任了学院客座教授。同时，学院还与省内知名企事业单位合作共建了12个教学实践基地。
学院始终坚持以人才培养为根本任务，以教学工作为中心，以教学质量为生命线，全面推进教育教学改革，逐步建立起与社会发展及学院发展相适应的人才培养体系，2005年在全校率先提出并实施了“大类招生、分流培养”的人才培养模式和“平台+模块”的教学课程体系。
学院现有全日制在校学生2156人，其中国际经济与贸易专业583人，会计学专业329人，工商管理专业545人，人力资源管理专业277人，市场营销专业222人，电子商务专业60人，物流管理专业66人，办学规模在全校居于前列。
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