1.概念上：运输把委托者委托的货物，通过制定的运输途径，从一地运往另一地，货运代理是为运输（海、陆、空）代理收运货物、揽货，从而在完成货主与客商之间的贸易中起到重要的连接作用。物流即实物分配，包括企业、销售商自身的运输、仓储、包装和搬运等活动。
2.职责与功能：运输尤其是货运代理是在国际货运市场上，处于货主与承运人之间，接受货主委托，代为办理租船、订舱、配载、缮制有关证件、报关、报验、保险、集装箱运输、拆装箱、签发提单、结算运杂费，乃至交单议付和结汇，它主要负责运输上的事宜，物流是受委托方要求把货物从委托地点运输到目的地的过程。负责运输、仓储、物流配送、理货集货等内容。
3.仓储上，运输是没有具体的仓库有些甚至没有运输工具的，比如汽车、货船等。物流是同时拥有自己的仓库和运输工具的。
4.选择上，如果是国际运输和不需要仓储的货物则选择运输，国内运输则选择物流，物流可以处理集货、仓储、运输、理货的业务。
