在汽车中保存氢是很大的问题。穿越欧洲14国的“氢动三号“使用的是一个存放液态氢的大型高压密封箱，仅够维持250英里。另外由于基础设施尚未跟进，“氢动三号”无法享受独行侠般的自由自在，随行车辆要在需要的时候为它进行氢补给。 然而，氢燃料电池要走上商业化道路，更大的阻碍是高昂的成本问题。
目前制造一辆燃料电池车的花费大约是普通汽车成本的100倍左右，只有那些为批量上市而生产的车型才能产生经济效益，但其成本仍然是普通汽车成本的10倍。 2002年12月，本田FCX首批交付用户使用，成为最早商品化的燃料电池汽车。虽然FCX已实现商品化生产，并在日本和美国正式交付使用，但全部用于汽车租赁业务，在日本市场，租用一个月 FCX的价格是80万日元，折合人民币约5。
6万元。目前本田FCX共有25辆，每辆售价150万美元左右，折合人民币1200万元左右，相当于同类大小的汽油车的100倍售价。 通用汽车正在朝着批量生产“氢动三号”的目标迈进，但按年产10万辆的规模估计，所需成本仍是传统动力车成本的3至4倍。
目前成本过高的主要原因是在一些关键部件上采用了昂贵的原材料，例如制造燃料电池块需要铂金，制作高压储氢罐需要碳纤维。目前，“氢动三号”的发动机造价要比普通汽车贵3,000至5,000美元。 另外，虽然汽油价格上涨会使得车辆的全程价格越来越贵，但是氢燃料电池车如天价般的使用成本同样使得人们望而却步。
现在虽然已经掌握燃料电池的相关技术，但棘手的问题是要在消费者能够承受的价格限度内制造出此类电池，否则这类汽车将无法引起人们的兴趣。在操作层面上氢的提取成本是非常高的，要想大规模获取液态氢，目前成本是以“亿美元”为计算单位的。另外，目前世界上氢的生产量还远远跟不上“氢时代”到来时的预计需求量，新的氢来源的开发也是生产链中的关键点之一。
无论从哪一方面来看，氢燃料电池车还处在开发阶段。系统可靠性、成本问题还有氢储存问题还有待汽车厂商运用高新科技继续研发，基础设施建设、燃料提取和供给问题又岂是一朝一夕能建成的。氢动力燃料电池车要走向市场，首先成本起码降到普通汽车成本的120%以下，甚至批量生产成本要低于普通汽车。
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