主要有：
（1）诱发细菌耐药。病原微生物为躲避药物，在不断地变异，耐药菌株也随之产生。目前，几乎没有一种抗生素不存在耐药现象。据文献报道：耐红霉素的金葡球菌已超过50%，耐头孢菌素的菌株已达40％以上，耐喹诺酮的菌株在35%左右。
（2）损害人体器官。抗生素在杀菌同时，也会造成人体损害。如喹诺酮类可致年幼动物软骨损害，使承重骨关节出现水泡，少数病人出现关节痛和炎症。此外，四环素、利福平、红霉素均可引起肝损害；氯霉素服用后难以灭活，可引起儿童心血管衰竭的“灰婴综合症”，严重者可致死。
（3）导致二重感染。在正常情况下，人体的口腔、呼吸道、肠道都有细菌寄生，寄菌群在互相拮抗下维持着平衡状态。如果长期应用广谱抗生素，敏感菌群会被杀灭，而不敏感菌群则乘机繁殖，未被抑制的细菌、真菌及外来菌也可乘虚而入，诱发又一次的感染。
（4）浪费医药资源。抗生素的生产有天然、半合成、合成3种方法，其中前两种都需粮食作培养基；同时新的抗生素价格昂贵，滥用造成资源浪费和治疗费用居高不下。
