虽然按要求正确接种了乙肝疫苗，但是仍有人的体内不产生保护性抗体(抗—HBs)，甚至又感染了HBv，这就叫按种失败。其原因比较复杂，下面加以分析：(1)没有及时接种或者接种时年龄过大。新生儿在娩出过程中或在娩出后，即暴露在HBv的环境中，产道、母血、羊水、阴道分泌物等，其中的HBV可迅速感染给新生儿。故此，乙肝疫苗一定要及时注射，同时联用乙肝免疫球蛋白(HBIG)。因为HBIG在妇产医院中一般没有备药，所以产妇在产前就要准备好，产后立即应用。另外，50岁以上的成年人和老年人按种乙肝疫苗也不易成功。有人观察，50岁以后接种成功率仅是30岁以下的1/5。成年人注射乙肝疫苗可适当增加剂量。(2)体重超标。肥胖儿童不易接种成功。依据免疫学原理，抗原剂量(疫苗)要达到一定标准才能诱导抗体的产生，故体重超标和肥胖小儿必须增加疫苗剂量。(3)胎儿宫内感染。对于胎儿在母亲的子宫内感染HBv，目前尚无满意的解决办法。近年来发现HBV的宫内感染率比原来估计的5%要高很多，在妊娠后期给孕妇注月HBIG虽然可能减少母体内的HBV量，但还是不能彻底解决宫内感染问题。不过，专家们认为，怀孕后的7、8、9月各注射1次HBIG仍是减少宫内感染的一种好办法，有条件的孕妇都应当做到。(4)在接种乙肝疫苗之前，母体或小儿应用了免疫抑制剂(如皮质激素类)，抑制了免疫功能，影响了抗体的产生。因此在接种疫苗前，母婴用药一定要慎重。(5)母婴感染了艾滋病毒(HIV)。这种病毒可以破坏人体的免疫功能，体内不会产生免疫应答，当然不会产生抗体。(6)接种疫苗未能按规定进行，漏种，或者不是全程免疫；疫苗质量有问题，过期、变质、疫苗瓶破裂、保管不妥、运送差错等等，都可能使接种失败。因此，不能购买私人疫苗，接种疫苗要由训练有素的医务人员来承担；疫苗的保管、运送、储藏必须有“冷链系统”，保证在低温条件下进行，失效或可疑失效的疫苗都不能再用。(7)乙肝病毒变异导致接种失败。HBv是容易变异的病毒，在变异后仍具有感染件，而乙肝疫苗只是对未变异的普通病毒株感染有预防作用，对变异病毒株引起的感染无效。当然，这种情况还是少见的。(8)成人接种疫曲失败与吸烟、饮酒有关，出为吸烟和饮酒可能降低人体的免疫功能，使免疫系统对抗原的刺激不产生应答，没有抗体产生，免疫失败。(9)被接种者自身对疫苗处于“无反应”状态。在接种过程中，接种程序、方法都没有问题，疫苗本身也没有问题，被接种者就是不产生保护性抗体，在反复接种时，仍然不产生抗体，这就是“无反应”状态。这种情况并不多见，但却时有发生，其原因比较复杂。现在的研究知道，这种“无反应”状态，其中有一大部分已感染了HBv，只是感染的HBv较少而已，检查他们的血液发现不了HBv标志物，故称为HBv的“隐性感染”，但在这些人的肝细胞中可检查到HBV的踪迹。这些感染了HBv的人，接种疫苗当然不会产生抗体。
