我国先后发布了《国家重点保护野生植物名录》、《国家重点保护野生动物名录》、《全国环保系统国家级自然保护区发展规划（1999一2030年）》、《中国生物多样性保护战略与行动计划（2011—2030年）》等，对我国重点保护的物种以及典型生态系统进行了详细的规定。
  1988年，我国制定《国家重点保护野生植物名录》使354种珍贵稀有的野生植物得到重点保护。1999年，国务院对保护物种作了重要调整：I级保护48种和3个属，其中蕨类14科包括I级保护2种和1个属的所有种，II级保护11种，另有2个科和1个属的所有种。
  裸子植物中I级保护有13种和另2个属所有种；II级保护23种和2个属的所有种。被子植物I级保护33种；II级保护164种。藻类植物II级保护1种。菌类植物II级保护2种。根据中国《野生动物保护法》和有关法律、法规的规定，由林业部和农业部共同拟定的名录共列出国家I级重点保护野生动物96个种或种类，如大熊猫、金丝猴、长臂猿、白鳍豚、中华鳄等；列出II级重点保护野生动物160个种或种类，如猕猴、黑熊、金猫、马鹿、黄羊、天鹅、玳瑁、文昌鱼等。
  根据《全国环保系统国家级自然保护区发展规划（1999一2030年）》、《中国生物多样性保护战略与行动计划（2011—2030年）》我国典型的生态系统主要有以下类型：草原与草甸生态系统，比如河北红松洼和内蒙古锡林郭勒自然保护区；荒漠生态系统，比如新疆阿尔金山、甘肃安西极旱荒漠和宁夏沙坡头自然保护区；森林生态系统，比如四川龙溪一虹口、安徽鹞落坪自然保护区；沿海滩涂湿地和河口生态系统，比如辽宁鸭绿江口滨海湿地自然保护区；原始沼泽、湖泊等内陆湿地生态系统，比如黑龙江洪河、内蒙古达赉湖、云南苍山洱海、贵州草海自然保护区。
  “十二五”期间可重点开展的典型生态修复工程主要有：一是海岸及近海典型生态系统保护与生态修复工程。开展海岸及近海典型生态系统本底调查，摸清各类典型海岸及近海生态系统现状，研究制定海洋生态区划与保护示范。选择在沿海地区红树林、珊瑚礁、海草床、滨海湿地集中分布区及重要海岛生态区，实施海洋保护区建设工程。
  项目为期10年。二是红树林生态系统恢复工程。制订全国红树林保护和人工恢复计划，对退化严重的红树林生态系统实施生态恢复工程，研究开发红树林生态系统生态恢复和重建技术，遏制红树林退化趋势，促进红树林生态系统恢复。项目为期10年。三是典型煤矿区退化生态系统恢复治理示范工程。
  查明东北煤矿区和山西煤矿区生态系统退化状况，研究提出煤矿区的生态恢复治理技术和模式，选择典型区域开展试点示范，增强煤矿区退化生态系统的生态恢复能力。项目为期5年。四是典型荒漠生态系统自然保护区建设与生态恢复工程。开展典型荒漠生态系统生物多样性及其生态环境调查，摸清其生物多样性现状及生态系统空间分布，按照自然保护区建设标准或技术规范进行自然保护区建设规划和论证，实施生态恢复工程。
  项目为期5年。