中枢神经系统受累在所有感染性心内膜炎中占20%~40%。以神经系统症状为主要表现的占到将近16%~23%,同时也合其他的诊断线索。神经系统的并发症常常出现在抗生素治疗的前2周,但亦有文献记载在成功治疗后数月甚至两年发生的。最常见的神经系统表现是卒中,占所有症状的50%~60%。卒中常因大脑栓塞导致梗死,但出血或者脓肿也常发生。其他神经系统表现主要包括脑病(意识水平下降),癫痫,严重或者局部头痛,精神综合征包括从轻微的人格变化到严重的精神病(老年人居多),多种运动功能障碍,视觉障碍,脊髓受累(偏瘫或四肢瘫痪),周围神经系统受累(单神经病)和脑膜炎(在金黄色葡萄球菌和肺炎链球菌感染时多见,可伴有或不伴有局部体征)。眼科并发症可包括视网膜动脉急性栓塞导致的失明。其余记载的并发症还有IE、W、VI对脑神经受累,可以导致复视、斜视、眼震或者瞳孔不等大、视网膜出血和眼内炎。