因为生物的后代只可能从具有血缘关系的先辈处获得遗传基因。所以，通过比较待测父辈和子辈的基因形态，我们就可以肯定或否定其相互之间的血缘关系。与DNA身份识别的唯一不同是子女从同一对父母处可能继承的基因组合会不只一种。比如，在甲基因位点，父亲的一对基因是A和B，而母亲是C和D，则子女可能的基因会有AC，AD，BC和BD四种。
在每个基因位点上，AABB标准规定除了定性判断是否一致以外，还在对大量数据分析的基础上给出一个定量的父系几率系数PI，以帮助判断鉴定的可靠性。比如，一对待测父子的某个基因位点都是11，这在一般人群中很常见，又如果他们在这个位点都是12，一个在一般人群中很罕见的形态，虽然两种情况里这对待定父子的基因都吻合，但后者在判断血缘关系时的权重显然应该大于前者。PI越高，说明亲缘关系的几率越大。若某个基因位点两位待测者的形态相异，则PI为0。所有位点的PI值相乘得到一个综合CPI。CPI的值才决定了亲缘关系成立的几率。
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