鲸鲨的繁殖为卵生，早在生物学家在20世纪中叶以前，对于鲸鲨是胎生或卵生都仅止于臆测。
后来生物学家在1956年根据一颗墨西哥近海发现覆有鲸鲨胎仔的卵壳，而相信它们是卵生动物。
到了1996年7月，台湾台东地区的渔民捕获一条雌鲨，随后在体内发现了300条幼鲨及卵壳，显示鲸鲨其实是一种卵胎生动物。
鲸鲨会将卵留在身体内，直到幼鲨生长到40至60厘米后才释出体外，这显示出幼鲨并非全部同时出生。
雌鲨会将精液保存下来，然后在一段长期时间中稳定的繁殖出幼鲨。
生物学家认为鲸鲨会在30岁左右达到性成熟，它们的寿命可以达到70至100年。
鲸鲨的繁殖方式
胎生
顾名思义就是直接产下鲨鱼的幼崽。这些胎生的鲨鱼体内都有卵黄囊胎盘，它们的生长是通过脐带将营养物质输送给胚胎，然后慢慢发育成幼体，之后再由泄殖腔排出，完成整个的繁殖过程。值得一提的是，胎生的鲨鱼一旦离开母体就开始独自生存，接受大自然的洗礼。
胎生就像哺乳动物一样，已经算是一种高级的繁殖方式了。在整个鲨鱼目下真鲨科和鲸鲨科下的鲨鱼有些是这种繁殖方式，比如鲸鲨、大青鲨。
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