在杏鲍菇、白灵菇生产中，只有具备优良的菌种，通过科学的培育管理，才能实现优质、高产、高效。因此菌种的优劣是事关千家万户的切身利益和菌种生产厂家信誉的大事。在现实生产中，也常发现有的菌种厂以赢利为目的，粗制滥造。加之有些菇农对菌种质量缺乏识别能力，致使在生产中减产、绝收，造成巨大的经济损失。因此严格菌种质量，加强对菌种的鉴定和识别是当前食用菌发展中的首要任务，也是最主要的技术环节和要求。
菌种质量的鉴定，严格地讲，应从形态、生理、栽培和经济效益等方面进行综合检测和评价。但要完成各种指标，除了需掌握一定的基础知识和基本技术外，还需具备一定的仪器设备及人力物力和时间。因此，一般生产者是很难完成的。这里仅将几种常用、简便、易行的方法予以介绍，供生产者参考。
（1）直接观察。
对引进的母种，首先要用肉眼观察包装是否符合要求，棉塞有无松动，试管有无破损，棉塞中有无杂菌和病虫害侵染，菌丝色泽是否正常、有无老化等现象。购进或自制的原种，瓶内菌丝应粗壮整齐、分枝浓密、色浓白呈绒毛状，说明生长旺盛。如瓶底出现黄水、菌丝萎缩与瓶壁脱离，或出现原基扭结，说明菌种老化应淘汰。（2）菌种纯度检查。
杏鲍菇菌丝是纯白色的，白灵菇菌丝较杏鲍菇菌丝稍浅些。如在菌种管或菌种瓶中出现其他颜色的菌丝或孢子（绿色、黄色、黑色等），则说明菌种不纯，被杂菌污染不能使用。如果在接菌时发现菌种有异味也说明菌种被杂菌污染，不能使用。（3）吃料能力鉴定。
将母种接入最佳配方的原种培养基中，或将原种接入栽培袋中观察菌丝生长情况。经1周的培养，如果菌种块能很快萌发并迅速向四周的培养料中生长伸展，说明菌种的吃料能力强。反之，菌种块萌发后生长缓慢，迟迟不向四周和料层深处伸展，则表明菌种对培养料的适应能力差。（4）观察菌丝长势。
可先将供测的菌种接入其适宜的试管培养基上进行培养，如果菌丝生长整齐浓密、健壮有力，则表明为优良菌种。若菌丝生长缓慢或长速太快，稀疏无力，参差不齐，容易衰老，则表明菌种质劣。（5）栽培试验观察。
这是菌种质量鉴定最可靠的方法。通过一定的栽培试验，凡具备优质高产、抗杂能力强和遗传性稳定的菌株，才是优良和可推广应用的品种。