1、FAT16格式其中FAT16是自DOS、Windows 3。x以来广泛使用的硬盘分区格式，是传统的16位文件系统。它有极好的兼容性，DOS、Windows 、Windows NT的各种版本，以及其他各类操作系统都支持FAT16。它相对速度快， CPU资源耗用少，所以至今仍是各类机器硬盘常用的分区格式。
  但是传统FAT16的不支持长文件名，受到8＋3，即8个字符的文件名加3个字符扩展名的限制。单个分区的最大尺寸为2GB，单个硬盘的最大容量一般不能超过8GB，所以如果硬盘容量超过8GB，8GB以上空间则因无法利用而浪费。2、FAT32格式而FAT32是Windows 95 OSR2版开始推出兼容16位的32位文件系统。
  最大特点为使用较小的簇（每簇仅为4KB）分配文件单元，大大提高硬盘空间利用率，减少了浪费。单个硬盘的最大容量达到2TB（1TB=1024GB），为海量硬盘的使用者提供了方便。它支持长文件名，能很好运行 DOS、Windows 95－2000的各种版本，但系统开销要大于FAT16。
  这种文件系统的安全性仍然较差。目前，支持这一磁盘分区格式的操作系统有Win 97、Win 98和Win 2000/XP。但是，这种分区格式也有它的缺点，首先是采用FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的硬盘要慢另外，由于DOS系统和某些早期的应用软件不支持这种分区格式，所以采用这种分区格式后，就无法再使用老的DOS操作系统和某些旧的应用软件了。
  二、NTFS文件系统：NTFS具有FAT的所有基本功能，并提供了优于FAT和FAT 32文件系统的特点：更好的文件安全性和更大的磁盘压缩。 支持大磁盘，最大可达2tb（NTFS的最大驱动器容量远远大于FAT的最大驱动器容量，并且随着驱动器容量的增加，NTFS的性能并不下降，这与FAT有很大不同）。
   可以在安装过程中，将现有的分区转换为NTFS。也可以在安装后的任何时候，通过在命令提示符下使用convert。exe程序，将文件系统从FAT转换为NTFS。但是只有Windows NT/2000/XP才能识别NTFS系统，Windows 9x/Me以及DOS等操作系统都不能支持、识别NTFS格式的磁盘。
  由于DOS系统不支持NTFS系统，所以最好不要将C：盘制作为NTFS系统，这样在系统崩溃后便于在DOS系统下修复。但是NTFS文件系统存在一个明显的不足，就是如果使用NTFS格式化分区，那么只有Windows 2000可以访问在该分区上创建的文件，其他操作系统不能使用Windows 2000 NTFS分区。