文献注释是写论文的一个基本功。它包括论文里面的引用、注释、论文最后以列表形式展示出来的参考文献等三种形式。
从位置上来说，参考文献的位置比较固定，一般都是放在论文的后面，不管是写期刊论文还是，学位论文，都是一致的。相比之下，引用和注释是放在论文后面还是放在论文里面，就比较复杂了。具体放在哪里，与论文的类型、期刊的期刊风格密切相关。因此，引用和注释在论文中的位置，有的是在页脚，有的是文尾。
引用和注释的这几种类型，有什么关联和区别呢
先来看“引用”。我们一般强调一引一标，每做一处引用，就要标上一处引用的符号。中文论文一般用右上角上标的格式，现在也有很多论文使用APA格式，将作者、年份放在括号里面。
注释也分为两种。一种是解释性的注释，另一种是引文性的注释，这两种情况的位置有所不同。解释性的注释一般不会用一引一标的形式，很多时候会出现多个文献出处、多个应用，但是只标一处。引文性的注释跟引用非常像，注释很多时候是放在论文里面的，只有极少数的期刊会把注释放在论文后面。
参考文献与引用、注释不是一回事，可以不一一对应，尤其大部分参考文献都是非直接引用。国内的学术期刊发展了这么多年，现在确实也出现了将引用、注释和参考文献合并起来处理的趋势，一些期刊已经不再对引用、注释、参考文献做区分了。
不过，这也跟学科有关。像考古学科、文学史等偏历史方向的学科，还是比较强调注释是注释、引用是引用。很多综合期刊尤其是一些偏社会科学取向的学科，现在基本上倾向于不区分引用、注释、参考文献，而统一放到后面。至于学位论文，现在国内比较流行、比较主流的处理方式仍然是把它们区分开，注释还是放在论文里面，直接引用有时候也会把放到论文里面，但是论文后面还会写一个比较长的图书的、论文的、国内的、国外的参考文献列表。
在学科上来说，前面也简单提到了人文学科跟社会学科是有一些区别的。在实际的文献处理过程中，也要考虑自己所在学科的一些特性、学科传统，同时还需要关注两个问题。
第一，期刊差异。经常有人问我，投稿的时候可能要投好几个期刊，要不要把文献等一些形式性的内容调整成所投期刊的样子按理来说是要的，要把自己的论文从形式规范上调整成期刊要求的样子，这在很多编辑看来是一个体现态度的问题。
第二，我们要反思文献为什么重要。虽然文献注释、参考文献、引用的文献，不属于论文主体内容，它们属于形式规范，跟论文的核心问题是什么、论证得怎么样、结论怎么样等没有很直接、很要害性的关联和影响。但是，为什么我们通常会认为文献很重要呢这是因为作者太多而期刊太少。按照教育部的认定，国内学术期刊加起来也不到1万本。这1万本里面，自然科学、医学、农学等工科期刊占70%左右，文科大概也就3000多本。在这样的大环境下，论文的一些细枝末节的小地方，都可能成为编辑不录用我们的稿件的原因。