公司的赔偿金要扣税。
我国法律规定个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。
免征个人所得税的情形有：
1、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
2、国债和国家发行的金融债券利息；
3、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
4、福利费、抚恤金、救济金；
5、保险赔款；
6、军人的转业费、复员费、退役金；
7、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费；
8、依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
9、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
10、国务院规定的其他免税所得。
个人所得税扣除标准有：
一、综合所得：
（一）应纳税额：
1.居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
2.非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
3.劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
（二）税率
综合所得的个人所得税，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。具体是：
1、范围在1至5000元之间的，包括5000元，适用个人所得税税率为百分之零；
2、范围在5000至8000元之间的，包括8000元，适用个人所得税税率为百分之三；
3、范围在8000至17000元之间的，包括17000元，适用个人所得税税率为百分之十；
4、范围在17000至30000元之间的，包括30000元，适用个人所得税税率为百分之二十；
5、范围在30000至40000元之间的，包括40000元，适用个人所得税税率为百分之二十五；
6、范围在40000至60000元之间的，包括60000元，适用个人所得税税率为百分之三十；
7、范围在60000至85000元之间的，包括85000元，适用个人所得税税率为百分之三十五；
8、范围在85000元以上的，适用个人所得税税率为百分之四十五。
二、经营所得
（一）应纳税额：
经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（二）税率
经营所得个人所得税，适用5%至35%的超额累进税率。具体是：
( 1 )全年应纳税所得额不超过30000元的,税率为5% ;
( 2 )全年应纳税所得额超过30000元至90000元的部分,税率10% ;
( 3 )全年应纳税所得额超过90000元至300000元的部分,税率为20% ;
( 4 )全年应纳税所得额超过300000元至500000元的部分,税率为30% ;
( 5 )超过500000元的部分,税率为35%。
三、利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得
（一）应纳税额：
1.财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
2.财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
3.利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（二）税率
该部分个人所得收入，适用比例税率，税率为百分之二十。
综合所得的范围：
（一）工资、薪金所得
个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得，为工资、薪金所得。
（二）劳务报酬所得
个人从事劳务取得的所得，包括从事设计、装潢、安装、制图、化验、测试、医疗、法律、会计、咨询、讲学、翻译、审稿、书画、雕刻、影视、录音、录像、演出、表演、广告、展览、技术服务、介绍服务、经纪服务、代办服务以及其他劳务取得的所得，为劳务报酬所得。
（三）稿酬所得
个人因其作品以图书、报刊等形式出版、发表而取得的所得，为稿酬所得。
（四）特许权使用费所得
特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得;提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得。
【法律依据】
《财政部税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》第五条，关于解除劳动关系、提前退休、内部退养的一次性补偿收入的政策
（一）个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分。
并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。
（二）个人办理提前退休手续而取得的一次性补贴收入，应按照办理提前退休手续至法定离退休年龄之间实际年度数平均分摊，确定适用税率和速算扣除数，单独适用综合所得税率表，计算纳税。计算公式：
应纳税额={〔（一次性补贴收入÷办理提前退休手续至法定退休年龄的实际年度数）－费用扣除标准〕×适用税率－速算扣除数}×办理提前退休手续至法定退休年龄的实际年度数
（三）个人办理内部退养手续而取得的一次性补贴收入，按照《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）规定计算纳税。