功能性胃肠病的治疗方法较多，但每种治疗方法仅对部分病 人有效，因此，对功能性胃肠病应采取综合治疗措施，才易于获 得较好效果。治疗功能性胃肠病的方法，主要包括以下几种。
（1）一般治疗：主要有安慰和解释，调理饮食，避免或消除 某些诱发和加重的因素，进行心理治疗、行为治疗、社会治疗、 环境治疗等，以消除不良的精神心理因素等。
（2）药物治疗：治疗功能性胃肠病的药物有抗酸药、H2受体 阻滞剂、质子栗抑制剂（PPI)、根除HP药物、促胃动力药和抗抑 郁药等诸类。有人认为，治疗功能性胃肠病的药物主要分为两类。
1.改善胃肠动力药，如多巴胺抑制剂、胃动素激动剂、钙 离子拮抗剂等。而5-羟色胺4 (5-HT4)受体激动剂（如普芦卡 比利、Velusetmge等）、阿片类受体拮抗剂（如溴甲纳曲酮和爱 维莫潘等)、氯莴子通道激动剂（如鲁比前列酮）、乌苷酸环化酶 激动剂（如利那洛肽、plecanitide等）和胆汁酸转运剂（如elo- bixibat等）都是治疗便秘的新型药物。
2.作用于脑一肠轴，调节内脏敏感性的药物，如5-HT相 关制剂、促肾上腺皮质激素释放因子拮抗剂、速激肽受体抑制 剂、生长抑素受体激动剂、三环类抗抑郁药、选择性5-HT再摄 取抑制剂等。
美国胃肠病学家Chung Owyang在2007年提出的药物治疗。国内有人认为，是药物治疗功能性胃 肠病的很好模式。
有专家认为，短期应用选择性5-HT再摄取抑制剂（SSRI) 药物，如帕罗西汀可改善进食后胃容受性扩张功能，而另一种SSRI药物，如西酞普兰则可增加结肠顺应性，抑制进食后胃结 肠反射，也有报告，西酖普兰在改善肠易激综合征（IBS)症状 的同时，而结肠感觉运动功能则没有明显变化。
（3）其他治疗：对功能性胃肠病亦可采用胃电刺激、针灸疗 法、内脏镇痛药、心理疗法或催眠疗法等进行治疗，但其疗效还 有待进一步研究。
中医治疗FD，主要有针灸、经皮电针治疗（TEA)、逍遥散、 四磨汤、三九胃泰、六味安消胶囊、痛泻宁颗粒以及辨论治等。
