EM是由日本琉球大学比嘉照夫教授发明的，有一天他无意发现在他经常倾倒微生物液体的那片草丛特别的茂盛，后来经过他的多次研究用多种有益菌组成了一个微生物群，就是现在的EM菌。（简单的说就是很多种的有益菌集中在一块，我们经常喝的酸奶里也是有期中的几种菌，有机肥之所以能改善土壤的质量也正是因为里面含有大量的微生物菌） 
       EM菌其实和环保酵素作用和功效差别不大，都能加速有机肥料的发酵，在日常生活中都能去除异味防止有害菌的生成，但是站在环保方面的立场来说，酵素菌在发酵的期间会产生臭氧（臭氧是对大气层有保护作用的，但对，种植户讲并无实际意义），酵素菌的制作过程比较长，这点EM菌就占有优势了，而且，从菌粉变成可用的菌液只需要3-7天，而且菌液还能扩充稀释10-50倍（意思就是EM菌能自行繁殖，1升的菌液能在做成50升），可谓是各有所长吧。
   
总之，如果不是必须要考虑臭氧生成的因素，使用EM菌比使用酵素菌要方便很多，而且能节省大部分成本。 
另外，EM菌还可以作为叶面肥喷施、对预防病害、杀虫方面都有明显效果 
EM菌的作用： 
1、改善土壤使之松软、透气、透水，同时抑制有害微生物繁殖，减少甚至不用化肥、农药（这点有待长时间试验才能得出结论） 
2、促进动物生长发育，并能抑制、消除圈舍臭味，杀死病原微生物，抑制腐败菌生长，提高动物抗病力和繁殖力（家里不养这些东西，但是论坛里有用EM菌液做的发酵鸡床听说养鸡不臭） 
3．家庭保健：对肠胃疾病、头屑、口臭、脚臭、狐臭、皮肤搔痒、蚊虫叮咬等"药到病除"。
  （我每天喷一点在我的鞋子里好像臭味小了点，加到水里洗了4次头发现，以前2天头就很油了，现在可以坚持到3天。） 
　　4．垃圾处理、厕所除臭、水质改善、食品保鲜，给你一个洁净卫生的生活环境。（喷在厕所里过，效果有但不是立竿见影的） 
5 加速肥料发酵（我就是冲这点买的，效果很好，我的液肥已经放了一个多礼拜开始发臭了，加入EM菌液后一个晚上就涨的气鼓鼓的而且把恶臭的气味变没了。
  在做液肥时候一起放入效果更佳）。