北宋开宝九年（公元976年），潭州太守朱洞在原僧人办学的遗址上，即岳麓山下的抱黄洞附近正式建立起了岳麓书院。北宋大中祥符（1008－1017）年间，岳麓书院进入了北宋的鼎盛时期。大中祥符八年（公元1015年），宋真宗亲自召见山长周式，对周式兴学颇为嘉许，亲书“岳麓书院”匾额。
至今书院所存明代“岳麓书院”刻石，便是当年宋真宗的手迹。在周式执掌下，岳麓书院的从学人数和院舍规模都有很大发展，遂成为天下四大书院之一。关于“四大书院”有多种说法，但唯有岳麓为诸家共推，反映了古之学者对岳麓的推崇。
张栻主教期间，以反对科举利禄之学、培养传道济民的人才为办学的指导思想，培养出了一批如吴猎、赵方、游九言、陈琦等经世之才的优秀学生。
乾道三年（公元1167年），朱熹来访，与张栻论学，举行了历史上有名的“朱张会讲”。前来听讲者络绎不绝，，时人描绘“一时舆马之众，饮池水立涸”。这次会讲，也推动了宋代理学和中国古代哲学的发展，所以不仅是长沙，也是中国古代文化史上的一件盛事。朱张会讲之后，岳麓书院名声更加远播，元代理学家吴澄在《重建岳麓书院记》中说：“自此之后，岳麓之为岳麓，非前之岳麓矣！”绍熙五年（1194年），在岳麓会讲27年之后，朱熹任湖南安抚使，再次来到潭州，重整岳麓书院，颁行《朱子书院教条》。
经过他的整治，岳麓书院再次进入到繁盛时期。
1507年（正德二年），阳明心学一代宗师王守仁来岳麓讲学。王守仁及其弟子在岳麓书院的讲学是继南宋湖湘学派之后，岳麓书院的又一次重要学派活动，导致了岳麓书院又一个学术繁荣期的到来。
1684年（康熙二十三年）巡抚丁思孔又重建岳麓，置膏火田数百亩，并两具疏章，请求御书匾额。1687年（康熙二十六年）春，康熙帝御书“学达性天”匾额。1744年（乾隆九年），乾隆帝又赐御书“道南正脉”于岳麓，岳麓书院在全国的重要地位再次获得肯定。
乾隆后期至嘉庆、道光年间，书院的建设进一步发展。期间罗典、欧阳厚均各主院27年，创建和恢复书院古迹数十处。1833年（道光十三年）巡抚吴荣光仿学海堂制，在此创设湘水校经堂，首开湖南书院教学改革之风。
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