至今没有针对轮状病毒引的特效药物，所以治疗的重点是调整饮食、预防及纠正脱水、防止酸中毒。使用微生态疗法和肠粘膜保护剂有助于病儿康复。
1.调整饮食
既往对于急性腹泻，主张“胃肠道休息”，一般先采用8~12小时禁食治疗，研究及实践证明这种治疗方法是错误的。孩子因腹泻已经影响了营养物质的吸收，如果再给予禁食，势必造成进一步营养素缺乏，使患儿的抵抗力降低，不利于疾病的康复。继续喂食保证了营养素的供给，能使孩子尽快恢复体力，而且不会因进食而加重腹泻和呕吐，所以除重型及呕吐严重的孩子外，其他腹泻孩子不要禁食，但要调整饮食。母乳喂养儿可同病前喂养，也可缩短每次哺乳时间，人工喂养儿可以根据病情暂时选用脱脂奶粉、低乳糖配方奶粉；已添加辅食的孩子应暂停喂不易消化的和含脂肪类多的食物，给予易消化流食及半流食，2~3天后转为正常饮食。
2.预防脱水及纠正脱水：
秋季腹泻引起的脱水90%以上属于轻度和中度脱水，首选用口服补液盐进行口服补液。口服补液盐(缩写ORS，各医院及药店均有售)内含氯化钠、氯化钾、碳酸氢钠或枸橼酸钠、葡萄糖，因糖和盐浓度相当，故有利于水和盐的吸收，能有效的纠正轻中度脱水。如使用改良ORS则效果更好。
使用方法：每袋加水1000毫升。
轻度脱水：50～60毫升/公斤体重，4小时喂入；
中度脱水：70～100毫升/公斤体重，6小时喂入；
要少量多次服用，最好每2～3分钟喂1次，每次10～20毫升。以上用量喂完后如仍有腹泻，用ORS液每袋加水1500，丢失多少就要补充多少。
口服补液期间，如患儿呕吐剧烈、腹胀或脱水程度加重，应立即改用静脉补液；如出现眼睑水肿，改喂白开水，水肿消退后，如需要仍可继续服用。重度脱水、心肾功能不全者不宜口服补液。新生儿应慎用。
重度脱水或呕吐剧烈者要给予静脉补液。
4.微生态疗法：服用妈咪爱、培菲康、双岐杆菌制剂、合生元、丽珠肠乐等。
5.肠粘膜保护剂：思密达、必奇等
