生殖功能包括两方面内容，即受孕能力和生殖力。不孕症是指无保护性生活1年不能受孕者；生殖力是指妊娠至活产的能力。约1/3的内异症患者有不孕的问题，包括生殖辅助技术同样提出内异症患者妊娠率低。另外，内异症患者常发生反复性流产。
内异症关于不孕症治疗原则是早期诊断、早期治疗；腹腔镜是诊断盆腔内异症的金标准。治疗措施应诊断内异症造成生殖功能障碍的以下环节：1、恢复输卵管、卵巢之间的正常解剖关系；2、清除内异病灶和腹腔液对生殖功能的影响；4、阻止疾病进展。
循证医学资料表明，对轻中度内异症腹腔镜手术能提高患者的生育力。虽然剥除巧克力囊肿并不能提高患者的妊娠率，但一般认为对大于4cm的巧克力囊肿应先做腹腔镜手术，以降低感染风险，改善取卵条件，然后再行助孕治疗。然而，对不孕患者行IVF-ET要比反复做手术妊娠成功率高。
若患者按内异症治疗后仍不能妊娠，或年龄较大妊娠困难者，应及时使用助孕技术如宫腔内人工受精及IVF-ET等促进妊娠。
