监察御史舒??、御史中丞李定等人，举出苏轼的《杭州纪事诗》作为证据，说他“玩弄朝廷，讥嘲国家大事”，更从他的其它诗文中找出个别句子，断章取义地给予定罪，如：“读书万卷不读律，致君尧舜知无术”。本来苏轼是说自己没有把书读通，所以无法帮助皇帝成为像尧、舜那样的圣人，他们却指他是讽刺皇帝没能力教导、监督官吏；又如“岂是闻韶忘解味，迩来三月食无盐”，说他是讽刺禁止人民卖盐。
  总之，是认定他讥讽皇上和宰相，罪大恶极，应该处死刑。虽然他们都要苏轼死，但神宗皇帝不愿杀害他，只同意拘捕他，而且不同意苏轼在进京途中关入监狱过夜。朝廷在七月二十八日将苏轼逮捕，八月十八日送到御史台的监狱。二十日，正式提讯。此时任宰相的王?，指出苏轼歌咏桧树的诗句：“根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知。
  ”隐刺皇帝：“皇帝如飞龙在天，苏轼却要向九泉之下寻蜇龙，不臣莫过于此！”新党指控苏轼“大逆不道”，要置其于死地。十月十五日，御史台申报苏轼诗案的审理情况，其中有苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，计有司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。
  李定、舒??等欲置苏轼于死地而后快，但神宗一时举棋不定：太祖早有誓约，除叛逆谋反罪外，一概不杀大臣。 苏轼写《狱中寄子由》说“梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡”，无比凄惨。审讯者常对他通宵辱骂。巨大精神压力下，苏轼写下了“与君世世为兄弟，更结来生未了因”的悲惨诗句。
  因为儿子苏迈离开京城去别处借钱，把送饭的事交给朋友，但是忘了告诉朋友父子之间有约定：送饭只送蔬菜和肉食，若听到坏消息，才送鱼去。巧的是这位朋友恰恰送去熏鱼。苏轼大惊，就给弟弟苏辙写了上面两首诀别诗。诗作完成后，狱吏按照规矩，将诗篇呈交神宗皇帝。
  
  宋神宗读到苏轼的这两首绝命诗，感动之余，也不禁为苏轼的才华所折服。加上当朝多人为苏轼求情，王安石也劝神宗说：“圣朝不宜诛名士”，神宗遂下令对苏轼从轻发落，贬其为黄州团练副使。轰动一时的“乌台诗案”就此销结，而苏轼的这两首“绝命诗”也广为流传开来。