南京大学历史上设立了中国第一个文理学院、商学院，创立了国内最早的生物系、地学系、气象系、心理学系、西洋文学系、建筑系、航空系、体育科、艺术科以及工商管理、金融、会计、国际贸易等科系。
   　　【文学院[3]】 　　文学系 语言学系 文献学系 戏剧影视艺术系 大学语文部 　　【哲学系（宗教学系）】 　　【历史学系】 　　【理学院】（虚设学院） 　　数学系[4]天文学系 　　【物理学院】 　　现代物理系 　　物理学系 　　光电科学系 　　声科学与工程系 　　基础物理教学中心 　　【电子科学与工程学院】 　　电子工程系 　　微电子与光电子学系 　　信息电子学系 　　通信工程系 　　电子电工实验教学中心 　　微制造与集成工艺中心 　　【现代工程与应用科学学院】 　　材料科学与工程系 　　【地球科学与工程学院】 　　地球科学系 水科学系 地质工程与信息技术系 　　【大气科学学院】 　　气象学系 大气物理学系 　　【地理与海洋科学学院】　 　　国土资源与旅游学系 城市与区域规划系 地理信息科学系 海岸海洋科学系 　　【现代工程与应用科学学院】 　　材料科学与工程系 　　【计算机科学与技术系】 　　【新闻传播学院】 　　【商学院[5]】 　　经济学院（经济学系 国际经济与贸易系 金融与保险学系 产业经济学系 人口研究所） 　　管理学院 （工商管理系 会计学系 电子商务系 市场营销系 人力资源管理学系） 　　【外国语学院[6]】 　　英语系 俄语系 日语系 德语系 法语系 西班牙语系 国际商务系 朝鲜语专业 　　【法学院】 　　【生命科学学院[7]】 　　【政府管理学院】　 　　思想政治理论教研部 教育科学与管理系 政治学系 行政管理学系 劳动人事与社会保障系 　　【信息管理系】 　　【社会学院[8]】 　　社会学系 心理学系 社会工作与社会政策系 　　【化学化工学院】 　　【环境学院】 　　【医学院[9]】 　　【软件学院】　 　　【海外教育学院】 　　对外汉语 　　【工程管理学院】 　　【匡亚明学院（基础学科教育学院）】 　　【大学外语部】 　　【体育部[10]】 　　【文化艺术教育中心】 　　【模式动物研究所】 　　【中美文化研究中心】 　　【建筑与城市规划学院[11]】 　　建筑系 城市规划与设计系 　　【国际学院】 　　【国防生】 　　【美术研究院】　 　　【金陵学院】。