帝王蝶事件
1999年5月，康奈尔大学昆虫学教授洛希（Losey)在Nature杂志发表文章，称其用拌有转基因抗虫玉米花粉的马利筋杂草叶片饲喂帝王蝶幼虫，发 现这些幼虫生长缓慢，并且死亡率高达44%。洛希认为这一结果表明抗虫转 基因作物同样对非目标昆虫产生威胁。
  
然而，洛希的实验受到了同行多方面质疑。最重要的反对意见认为，这 一实验是在实验室完成的，并不反映田间情况，且没有提供花粉量数据。
不久之后，美国环境保护局（EA)组织昆虫专家对帝王蝶问题展开专 题研究。结论认为转基因抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶并无威胁，原因是： (1)玉米花粉大而重，因此扩散不远。
  在田间，距玉米田5米远的马利筋杂 草上，每平方厘米草叶上只发现有一粒玉米花粉。（2)帝王蝶通常不吃玉米 花粉，它们在玉米散粉之后才会大量产卵。（3)在所调查的美国中西部田 间，转抗虫基因玉米地占总玉米地面积的25%,但田间帝王蝶数量却很大。
另外，美国环保局在一项报告中指出，评价转基因作物对非靶标昆虫的 影响，应以野外实验为准，而不能仅仅依靠实验室数据。
  
墨西哥玉米事件
2001年11月，美国加州大学伯克利分校的微生物生态学家David Chaela 和David Quist在Nature杂志发表文章，指出在墨西哥南部Oaxaca地区采集的 6个玉米品种样本中，发现了一段可启动基因转录的DNA序列——花椰菜花 叶病毒（CaMV) “35S启动子”，同时发现与诺华（Novartis)种子公司代号 为“Btll”的转基因抗虫玉米所含“adhl基因”相似的基因序列。
  
墨西哥作为世界玉米的起源中心和多样性中心，当时明文禁止种植转基 因玉米，只是进口转基因玉米用作饲料。此消息一出，便引起了国际间的广 泛关注，绿色和平组织甚至称墨西哥玉米已经受到了“基因污染”。
然而，David Chaela和David Quist的文章发表后受到了很多科学家的批 评，指其实验在方法学上有很多错误。
  经反复查证，文中所言测出的 “CaMV35S启动子”为假阳性，并不能启动基因转录。另外经比较发现，二 人在墨西哥地方玉米品种中测出的“adhl基因”是玉米中本来就存在的“adhl-F基因”，与转入“Bt玉米”中的“adhl-S基因”序列并不相同。
  
对此，Nature杂志于2002年4月11日刊文两篇，批评该论文结论是 “对不可靠实验结果的错误解释”，并在同期申明“该文所提供的证据不足以 发表”。
另外，墨西哥小麦玉米改良中心也发表声明指出，通过对其种质资源库 和新近从田间收集的152份材料进行检测，并未在墨西哥任何地区发现“35S 启动子”。