移植前强烈的预处理致移植后2-3周骨髓处于极度抑制状态，外周血中性粒细胞极低，各种活性免疫细胞也高度受抑制，故即使将患者置于清洁的层流病室仍易并发感染，其中肺部感染最为常见。此外，移植后为预防排斥反应及移植物抗宿主病（GVHD)而采用多种免疫抑制剂进一步削弱了患者的防御功能，也是易遭感染的原因。肺部感染包括以下几种：1)细菌性感染：在供者或自体的造血干细胞植人前，即移植后2-3周内最易发生，发生率约为15%,其中20%左右的患者将致死。病原菌以绿脓杆菌、肺炎克雷白杆菌及肺炎链球菌最多见。临床表现以发热为主，由于中性粒细胞缺乏，感染引起的呼吸道分泌物较少，故咳嗽、咳痰、肺部啰音等呼吸道炎症的症状和体征可不甚明显。同样，胸部影像学检査（胸片、CT)时肺部炎症改变也较轻微，甚至无异常变化，易漏诊。由于痰液少，取痰标本培养较困难，不易获得细菌学证据。2)巨细胞病毒感染:：主要见于异体移植，发生率在25%左右，自体移植者少见。绝大多数发生于巨细胞病毒抗体阳性的受者，一旦发生巨细胞病毒肺部感染，死亡率高达80%以上。目前常规在异体移植后应用更昔洛韦等抗病毒药物预防，已大大降低了发生率。此种病毒的肺部感染临床上主要出现呼吸困难及低氧血症（进行血氧分析检测）。3)真菌感染：以曲霉菌最为常见，发生率为10%-15%。临床表现咳嗽、呼吸困难、拉丝状痰，其次有胸痛及咯血，2/3的患者无发热。胸片及胸部CT检査显示肺部单个或多个结节、空洞及片状融合阴影，晚期出现典型的“新月形空气征”（为肺组织坏死后与周边的肺实质分离所致）。呼吸道分泌物、肺泡灌洗液（经纤维支气管镜操作）培养曲霉菌的阳性率仅不到50%。在CT引导下病灶部位肺穿刺的检出率也仅50%〜60%。治疗上首选两性霉素B,近几年新上市的伊曲康唑、伏立康唑、卡泊芬净、米卡芬净等也有效。目前常用二种不同类别的抗真菌药联合治疗,提高了疗效。其他真菌感染较常见的有念珠菌、新型隐球菌，以及较少见的毛霉菌等。临床表现及治疗基本上和曲霉菌感染相似。卡氏肺孢子虫感染：异体造血干细胞移植后的发生率为15%左右，常在移植后2个月左右发生，目前常规应用复方磺胺异恶唑（复方新诺明）预防后，已非常少见。其症状和体征和其他病原菌感染无明显不同，胸片呈双侧肺部浸润性阴影，常以肺门为中心向外侧放射状分布。肺泡灌洗液检出病原的几率达90%。治疗上同样选用复方磺胺异恶唑。5)结核感染。主要为肺结核，发生率低于0.25%，异体移植、预处理选用全身放疗及并发慢性移植物抗宿主病者均为易发因素。痰中找到抗酸杆菌为最好的诊断依据。诊断后及时进行标准的抗结核治疗（3-5种抗结核药联合应用6-12个月）效果较好。
