自身免疫性肝炎基本病理改变是淋巴细胞性碎屑坏死,伴有明显的淋巴细胞浸润、除汇管区和隔旁炎性细胞浸润外,还可见肝细胞气球样变和细胞凋亡、存活的肝细胞呈花环状排列,可见胆小管增生及结缔组织沉着。随着损伤的进展,由汇管区周围进展至间隔分区。肝活组织检查对诊断是必需的,汇管区炎症(碎屑坏死或界面坏死)意味着5年存活率的高低和17%的肝硬化率,桥接坏死或多小叶坏死标志着5年死亡率为45%,5年内发生肝硬化的概率为82%。在糖皮质激素和免疫抑制剂治疗后常可见碎屑坏死可逆性转为汇管性肝炎,但也可自发性出现。如果碎屑坏死发展成为桥状坏死并形成纤维隔,病变则不可逆转,肝硬化形成之后,碎屑坏死仍可持续存在形成活动性肝硬化。