东北财经大学自1981年开始招收硕士研究生，1986年开始招收博士研究生。 全校现有3个一级学科博士后流动站：理论经济学、应用经济学和工商管理；6个一级学科博士学位授权点：理论经济学、应用经济学、统计学、工商管理、管理科学与工程和公共管理。
42个二级学科博士学位授权点（含自主设置学科16个）：政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、世界经济、人口资源与环境经济学、世界经济与金融、经济哲学、国民经济学、区域经济学、财政学（含税收学）、金融学、产业经济学、国际贸易学、劳动经济学、统计学、数量经济学、国防经济、金融工程、国民经济核算、公共经济与公共政策、产业组织学、国际投资学、国际经济合作、全球化与大国经贸关系、规制经济学、保险学、投资经济、管理科学与工程、会计学、企业管理、旅游管理、技术经济及管理、财务管理、市场营销、人力资源管理、中国管理思想史、行政管理、社会医学与卫生事业管理、教育经济与管理、社会保障、土地资源管理。
学校现有69个学术型硕士学位授权点（含自主设置学科21个）：科学技术哲学、政治经济学、经济思想史、经济史、西方经济学、世界经济、人口资源与环境经济学、世界经济与金融、经济哲学、国民经济学、区域经济学、财政学（含税收学）、金融学、产业经济学、国际贸易学、劳动经济学、统计学、数量经济学、国防经济、金融工程、国民经济核算、公共经济与公共政策、产业组织学、国际投资学、国际经济合作、全球化与大国经贸关系、规制经济学、保险学、投资经济、风险统计、法学理论、法律史、宪法学与行政法学、刑法学、民商法学、诉讼法学、经济法学、环境与资源保护法学、国际法学、军事法学、政治学理论、社会学、马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究、职业技术教育学、外国语言学及应用语言学、计算机应用技术、管理科学与工程、会计学、企业管理、旅游管理、技术经济及管理、财务管理、市场营销、人力资源管理、中国管理思想史、电子商务、企业诊断、国际商务与管理、物流管理、行政管理、社会医学与卫生事业管理、教育经济与管理、社会保障、土地资源管理。
此外我校还有包括工商管理硕士在内的12个专业学位硕士授权点：工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）、会计硕士（MPACC）、法律硕士（J。M）、金融硕士、保险硕士、国际商务硕士、应用统计硕士、旅游管理硕士、税务硕士、资产评估硕士和审计硕士。
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