主发酵阶段由于堆肥原料、空气和土壤中存在大量的各种微生物，所以堆 肥原料投人后很快就进人发酵阶段。堆肥化物料从温度开始上升到 开始降低为止的阶段，称为主发酵阶段（或主发酵期）。该阶段可 分为发热（升温）阶段和高温阶段，时间为10〜12天。一般情况 下，牛粪为2周，猪粪为1〜2周，鸡粪为1周左右。
(1) 发热（升温）阶段：堆制初期至堆温升至45°C左右时称为 发热阶段，嗜温性微生物利用堆肥中可溶性有机物进行旺盛繁殖， 温度不断上升，此阶段以中温、需氧型微生物为主。此时主要是蛋 白质、简单糖类、淀粉类等易分解的物质迅速分解，释放出二氧化 碳、氨和大量的热量。
此阶段一般需花时间1〜3天。此时堆内中嗜温性微生物随着温度升高而逐渐被生活在45°C〜 65°C的高温菌逐渐取代。在此温度下，大多数微生物最活跃，所以最佳温度一般为55度，此时最易分解有机物，各种病原菌、寄 生虫卵、杂草种子等均可被杀灭。70°C以上时大多数嗜热性微生物不适应，大批死亡、休眠。
堆肥中除可溶性有机物继续被分解 转化外，主要分解半纤维素、纤维素等复杂的有机物质，同时开 始了腐殖化过程，出现腐殖质。当堆温降到70°C以下时，处于休眠状态的好热性微生物又开始活动，继续分解纤维素，使高温持 续一段时间。此后，有机物分解强度减弱，产热量。
减少，堆温逐 渐下降。
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