SATA和PATA硬盘和平共处的关键在于其占用的IDE通道位置不能冲突。还要注意DOS/Win98/WinME系统只能支持一共4个IDE设备，而Win2000/XP/2003系统可一共支持6个设备（注：第三方的SATA控制器可突破此限制）。关于SATA占用IDE通道位置的设置部分，各厂家有所不同。
  以Intel865PE芯片组的ICH5南桥为例：进到BIOS后，选择Main下的IDE Configuration Menu，在Onboard IDE Operate Mode下面可以选择两种IDE操作模式：兼容模式和增强模式（Compatible Mode和Enhanced Mode）。
  其中Compatible Mode，可以理解为把SATA硬盘端口映射到并口IDE通道的相应端口，通常适用于DOS/Win98/WinME系统；Enhanced Mode下的SATA硬盘将使用独立的IDE通道，不与原PATA设备冲突，但仅适用于Win2000/XP/2003系统。
   可看主板说明书并参照下文: 主板芯片组为i865PE，南桥为ICH5。进到BIOS后，选择Main下的IDE Configuration Menu，在Onboard IDE Operate Mode下面可以选择两种IDE操作模式：兼容模式和增强模式（Compatible Mode和Enhanced Mode）。
  其中兼容模式Compatible Mode，可以理解为把SATA硬盘端口映射到并口IDE通道的相应端口，当你选择这种模式时在下面的IDE Port Settings中会有三个选项：Primary P-ATA+S-ATA:并行IDE硬盘占据IDE0＋1的主通道（Primary IDE Channel），串行SATA硬盘占据IDE2+3的从通道（Secondary IDE Channel）。
  也就是说这时主板上的第二个并行IDE接口对应的端口不可用。Secondary P-ATA+S-ATA:与上面正相反，此时主板第一个并行IDE接口（Primary P-ATA）上对应的端口不可用，因为给SATA硬盘占用了。P-ATA Ports Only:屏蔽了串行SATA硬盘接口，只能使用并行接口设备。
  注：前两种模式中，主板上的SATA1接口自动对应IDE通道中的主盘位置，SATA2接口自动对应IDE通道中的从盘位置。 当选择模式为增强模式Enhanced Mode时，其下的端口设置的字样变为Enhanced Mode Supports On，其中也有三个选项：P-ATA+S-ATA：并行和串行硬盘并存模式，此时SATA和PATA通道都相互独立互不干扰，理论上4个P-ATA和2个S-ATA可同时接6个设备，实际上得根据不同主板而定，有的南桥芯片就只支持4个ATA设备。
  此时SATA1口硬盘对应Third IDE Master （第三IDE通道主盘），SATA2口硬盘对应Fourth IDE Master（第四IDE通道主盘）。S-ATA：串行硬盘增强模式，此时理论上支持4个串行硬盘，但还得看主板的支持情况（如果是ICH5R芯片组如P4P800，想组RAID模式，则必须要选择此项，并将Configure S-ATA as RAID项设为Yes，S-ATA BOOTROM项设为Enable，设置后BIOS自动检测的时候按Ctrl+I进行RAID设置）。
  P-ATA：其实还是一种映射模式，SATA硬盘占据的是第一个IDE通道，SATA1口对应为第一个通道的主盘，SATA2口对应第一个通道的从盘。当你使用的是WIN98/WIN NT/ WIN2000/MS-DOS等传统的操作系统时，由于它们只支持4个IDE设备，所以请选择兼容模式Compatible Mode，并根据你的实际硬盘数量和位置选择IDE Port Settings中的对应选项；当你使用的是WINXP/WIN2003等新型的操作系统时，可以选择增强模式Enhanced Mode来支持更多的设备。
  当然如果你安装WIN98+WIN XP双系统的话，也只好选择Compatible Mode了。另外，有的主板BIOS有BUG，致使在单个SATA硬盘上安装Windows 98SE系统时不能正确安装SATA硬盘（如：华擎P4VT8），只需要升级BIOS版本到最新版就可以解决了。
   注：虽然SATA硬盘本身并没有主从之分，但是如果使用了端口映射的模式，当你想要并行硬盘和串行硬盘共存时，还是得注意硬盘所占的位置不要冲突了，而且启动顺序也需要在BIOS中根据实际情况进行相应调整。下面以GA-8KNXP Ultra为例，简要说一下技嘉主板的BIOS中SATA的设置：这款主板的芯片组是i875P，南桥为ICH5R，其SATA部分的设置选项在Main主菜单下的Integrated Peripherals（整合周边设备）里，其设置功能见下（只列出了有关SATA硬盘设置的部分）：设置项名称 选项值及解释On-Chip SATA Manual（预设值）：手动设定此选项，这时SATA Port0/1 Configure才会打开。
  Auto：当IDE1 或IDE2 没有接满设备时， SATA会映射成IDE的模式。Disabled：关闭此功能，不能使用SATA硬盘。SATA Port0 Configure as SATA Port0（预设值）：将SATA设为SATA Port 0，此时为Third IDE Master。
  SATA Port1： 将SATA设为SATA Port 1，此时为Fourth IDE Master。IDE Pri。 Master：将SATA Port 0映射为Primary IDE Channel的Master盘。IDE Pri。 Slave：将SATA Port 0映射为Primary IDE Channel的Slave盘。
  IDE Sec。Master：将SATA Port 0映射为Secondary IDE Channel的Master盘。IDE Sec。Slave：将SATA Port 0映射为Secondary IDE Channel的Slave盘。SATA Port1 Configure as SATA Port1（预设值），此数值依据SATA Port 0 Configure的设定而定。
  SATA RAID Function Enabled（预设值）：当SATA模式设定为SATA Port 0及SATA Port 1时，开启SATA RAID功能。Disabled：关闭RAID功能。 有关启动设备的选项在Advanced BIOS Features（进阶BIOS功能设定）中，见下：设置项名称 选项值及解释SATA/RAID/SCSI Boot Order SCSI：由 SCSI为第一优先开机设备。
  RAID：由 RAID为第一优先开机设备。SATA：由 SATA为第一优先开机设备。First / Second / Third Boot device (第一/二/ 三次开机装置 就是传统的启动项选择，只不过你想要从SATA/RAID/SCSI设备启动时需要将SCSI设置到相应的优先级上。
   通过上面的两个例子可以看出ICH5/ICH5R南桥的主板，都是通过端口映射和独立SATA通道两种途径来设置识别SATA硬盘的。至于应该选择那种模式和设置值，请参考上文并根据S-ATA硬盘和P-ATA硬盘的数量，安装的操作系统以及哪一个作为系统启动盘等实际情况来自行设定。
   2。南桥为VIA的VT8237的主板相对于ICH5/R芯片组，VT8237的SATA设置部分就简单的多了。下面以硕泰克的SL-KT600系列为例，其SATA部分的设置选项也是在Main主菜单下的Integrated Peripherals（整合周边设备）里：Onboard PATA IDE（主板内建并行IDE 口设定）此项设定允许用户配置主板内建并行IDE 口功能。
  Disabled：关闭主板的并行IDE 口功能。Enabled：允许使用并行IDE 口功能（预设值）。Onboard IDES operate mode（主板内建IDE 优先设定）PATA is Pri IDE：PATA 口上的设备优先（预设值）。
  SATA is Pri IDE：SATA 口上的设备优先。Onboard SATA- IDE (主板内建SATA 口功能设定）Disabled：关闭主板上SATA 口。SATA：主板上SATA 口当作一般的SATA 口使用。RAID：主板上SATA 口上的硬盘可以建立磁盘阵列（预设值）。
  这里你只需要根据实际情况调整一下串并行口的优先级就可以正常使用SATA硬盘了。（通过上面的选项能看出，在这里S-ATA硬盘还是可以理解为映射到P-ATA端口上来识别的。） SATA如果要作为引导盘使用，需要进行以下设置： 一、接好SATA硬盘后，需要进BIOS中打开SATA选项，以865主板为例，选择Integrated Peripherals→OnChip IDE Device→OnChip Serial ATA Setting,在“SATA Mode”中选择“On-Chip Serial ATA”,将其设为“Enabled”或“AUTO”。
  再把启动顺序设为“SCSI/SATA”即可。 二、如果是安装Win98则可以像普通IDE硬盘一样正常使用。如果要安装Win2000/XP，则必须从软驱中安装第三方的SATA驱动才能使用，若主板没有附带的SATA软盘驱动，就需将光盘中的驱动拷贝到软盘中，方法是： 将主板随机光盘放入光驱中，BIOS设为光驱启动，启动电脑，然后将一张空白软盘插入软驱，光驱引导系统后会出现类似“Do you want to generate Serial ATA driver Diskette (Y/N)”的提示时，按“Y”将出现格式化软盘的警告，再按“Y”，系统将格式化软盘关将SATA驱动复制到软盘上。
   三、将SATA驱动软盘插入光驱，开始安装Win2000/XP,当系统提示“Press F6 if you need to install a third party SCSI or RAID driver”时，按下“F6”键，当Win2000/XP的安装窗口出现时，按系统提示按“S”键，以自动搜索软盘中的驱动。
  最后按回车键后就可以正常安装Win2000/XP了。 四、系统安装好后“设备管理器”中若还有黄色“！”号的SATA设置，可再为其升级安装一遍驱动。
另外:建议手动在SATA硬盘上安装系统,一般最新的主板(BIOS较新),都可以在安装时较好的识别SATA设备(不用按F6)。