多发性抽动症是一种复杂的慢性现代病，并非短期内可以治愈。对于诊断明确为多发性抽动症的病人应该及时进行治疗。在治疗前应了解病人既往曾接受过哪些治疗，效果如何，有哪些副作用。多发性抽动症治疗前还应确定治疗的目标症状（target symptom）。目标症状就是指对病人日常生活影响最大的症状。抽动常常是治疗的目标症状。然而有时有些病人的目标症状是强迫观念和行为、注意缺陷多动障碍症状等。明确治疗的目标症状即是病人的主要症状这一点很重要，临床医生必须认真评估每一位病人的重点症状，多发性抽动症患儿可以因为频繁抽动、强迫观念和行为、注意力不集中等，或几种症状的不同组合而影响学习和生活，但通常以一个或两个临床症状最为主要，对多发性抽动症的治疗应该是综合性的，治疗不仅是针对抽动症状，还需要对患儿及其家庭进行咨询，以取得合作，增强患儿及其家属对治疗的信心。除了要对抽动症状进行控制外，更要注意其伴发的行为障碍（如注意缺陷多动障碍、强迫障碍等）的干预治疗，因为通常行为异常较抽动更能影响患儿的生活质量。在抽动症状被控制以后，行为异常可能会成为临床治疗的主要矛盾，同时亦会使抽动症状反复波动。故用药配合行为异常的心理疏导是必不可少的，通过生理—心理—社会医学模式的三轴系统治疗才是治愈疾病的根本。
多发性抽动症的药物治疗要有一定的疗程，适宜的剂量，不宜过早更换药物。当使用单一药物仅能使多发性抽动症的部分症状改善时，或其有复杂的伴随症状，可考虑联合用药。然而多种药物联用并不是最佳治疗手段，应持慎重态度。至于维持治疗问题，由于药物治疗是对症性的，故应进行一定时期维持治疗。维持治疗时间要根据每个病人的具体情况而定，对于病情相对比较轻的病人维持治疗需6—12个月，对于重症病人应维维持治疗1—2年，或更长时间。维持治疗量，一般为治疗量的1/2—2/3。
此外，需要说明的是，多发性抽动症的治疗原则及治疗手段，同样适用于其他抽动障碍，如短暂性抽动障碍和慢性抽动障碍等的治疗。也适用于儿童和青少年起病延续到成年的多发性抽动症或者成人多发性抽动症的治疗。
