物流资源利用率低
一方面因为传统的仓库因其在仓储净空高度往往得不到利用而造成大量空间资源的闲置浪费；另一方面因为传统仓库的管理和作业模式均采用原始的作业方式，仓库设备的能力没有充分发挥出来，在一定程度上也造成了浪费。
作业质量引起的损耗大
一方面是传统的平面仓库物流自动化水平较低，货物的进入库基本是人工利用叉车进行作业，而由于人工操作不当会造成货物碰撞损耗；另一方面是因为错误作业或错误配送所引起的错误成本，特别是药品的配送，会引起更严重的后果。
信息流和物流不一致
一方面传统的仓库往往信息化程度较低，导致整体物流管理水平低下，无法向客户提供优质和灵活的物流服务。另一方面会因信息流和物流无法统一而造成上面所述的错误成本，使总体仓储成本提高。
作业效率低下
传统的平面仓库是“人工一叉车一货架”的作业模式，其作业速度根本无法与自动化立体仓库中的“计算机一堆垛机一货架”的作业模式相比，大大影响第三方物流企业的竞争能力。
