由于很多项目需要较长的前期可行性研究论证，所以这种情况并不少见。我认为至少有两种方式可以选择：
1、首先要经投资各方共同协商，同意由新项目公司承担此部分支出，并在投资协议中予以约定。然后，经股东各方共同指定的审计机构审计确认后，将前期费用支出情况在公司第一次股东会议上予以审议，审议通过并作出决议后，由新项目公司拨付此部分费用。
新项目公司则根据审计机构的审计报告，和股东会决议进行财务处理，具体要根据费用的内容、性质，或摊入在建工程，或作为长期待摊费用处理。
2、同样在经过股东各方同意，并经中介机构审计后，将该部分费用作为垫支方的投资，新公司对该部分费用的处理同上。
而垫支方则把此部分费用转作投资成本。
在法律上，两者的法律程序基本是一样，都要经投资各方协商一致，并在投资协议中予以约定。而后者还要在公司章程予以反映，经公司注册机构审验、备案后，具有法律上的效力。
实际操作中，前者的处理方式较多些。
至于，溢价的问题，只要投资各方同意，处理同上。
但要注意纳税上的处理，同时在作为投资时，还要满足公司法等工商注册方面的规定。由于项目性质和费用性质的差别，和个人经验上的不足，给不出具体的建议，可咨询有关机构，或听听其他朋友的意见。
供参考！
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