对于它们的灭绝，科学家曾描绘出这样一幅画面：16世纪后期,带着猎枪和猎犬的欧洲人来到了毛里求斯，不 渡渡鸟 会飞又跑不快的渡渡鸟厄运降临。欧洲人来到岛上后，渡渡鸟成了他们主要的食物来源。从这以后，枪打狗咬，鸟飞蛋打，大量的渡渡鸟被捕杀，就连幼鸟和蛋也不能幸免。
开始时,欧洲人每天可以捕杀到几千只到上万只渡渡鸟，可是由于过度的捕杀，很快他们每天捕杀的数量越来越少，有时每天只能打到几只了。17世纪，荷兰定居者开始开拓殖民地，而渡渡鸟正是在这一时期走向灭绝的。对食肉动物毫无经验的渡渡鸟并不惧怕进行猎杀和破坏其生存环境(森林)的人类定居者。
过往的船只同时带来了大量老鼠，它们疯狂地偷食地面巢穴中的鸟蛋，也在一定程度上加剧了渡渡鸟的灭绝。1681年，最后一只渡渡鸟被残忍地杀害。从此，地球上再也见不到渡渡鸟了，除非是在博物馆的标本室和画家的图画中。 在渡渡鸟被人类发现后二百年的时间内，终于彻底地消失了，关于渡渡鸟灭绝的准确时间，大部分学者认为是在1681年，但也存在许多其他争论。
澳大利亚皇家植物园的大卫·罗伯茨（David Roberts）博士认为，“渡渡鸟的灭绝时间应该是1662年水手Volkert Evertsz最后一次亲眼见到渡渡鸟。”罗伯茨指出，在1662年以前，有历史记载的上一次见到渡渡鸟的时间为1638年，在24年之前，所以到17世纪60年代，渡渡鸟的数量很可能已经少之又少。
但是，渡渡鸟专家朱利安·休谟（Julian Hume）根据一份当时的狩猎记录进行统计学分析，渡渡鸟灭亡的时间应该为1693年，更准确一点讲，至少有95%的可能性是灭亡于1688年至1715年间。 最后一只已知的渡渡鸟，是在渡渡鸟这个物种被人类发现后不到二百年的时间内，被人类杀死的。
渡渡鸟的灭绝一开始并没有引起人们太多的关注，直到1865年，路易斯·卡罗（Lewis Carroll）的童话《爱丽丝漫游奇境记》（Alice's adventures in wonderland）中提及了这种善良可爱而又命运悲惨的动物，随着这本书的畅销，渡渡鸟也被越来越多的人知晓。
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