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clustalw2序列比对的结果怎么分析

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clustalw2序列比对的结果怎么分析


        

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    2018-12-11 01:40:29
  •   最上面的slow或者fast选项: 这个是根据对比对结果的精度和速度平衡进行取舍的,如果比对序列较多,如1000条,当然选后者了,一般选slow就行,比对精度要高一些;
    gap open指起始空位罚分,gap extension指沿着gap open继续出现gap的罚分。
      比如出现一个氨基酸的空位就是gap open,给一个罚分,紧接着这个gap还有第二个第三个氨基酸空位,这后两个就是gap extension,每一个再给一个罚分,这样因为gap(氨基酸空缺)造成的同源性下降值就是两者罚分相加。一般给gap open罚分高,给gap extension罚分低,增加起始空位罚分的数值可以减少空区的数量,增加延伸空位罚分的数值可以减少插入空区的长度;后面的no end gaps选择no即表示由末尾长度不一致导致的空位不算入罚分内。
      
    protein weight matrix指蛋白质权重矩阵,考虑的是同一位置中不同残基替代对序列结构与功能的不同影响,可以提高同源分析的敏感性与准确性。blosum系列矩阵适合于对数据库进行同源性检索;pam系列矩阵,gonnet系列矩阵参考的数据依次要求增高。
      
    大部分参数默认就好了,需要说明的是clustering,这里表示绘制tree的方法,这里是这个程序的默认方法,即 NJ tree,这种方法要求比对的序列同源性较好,如果相似性很低,就会出现长支吸引现象,影响同源性分析的准确性。
      
    同源性分析是个很复杂的问题,没有人能保证100%的预测准确的。 so goodluck~。

    晴***

    2018-12-11 01:40:29

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