最上面的slow或者fast选项： 这个是根据对比对结果的精度和速度平衡进行取舍的，如果比对序列较多，如1000条，当然选后者了，一般选slow就行，比对精度要高一些；
gap open指起始空位罚分，gap extension指沿着gap open继续出现gap的罚分。
比如出现一个氨基酸的空位就是gap open，给一个罚分，紧接着这个gap还有第二个第三个氨基酸空位，这后两个就是gap extension，每一个再给一个罚分，这样因为gap（氨基酸空缺）造成的同源性下降值就是两者罚分相加。一般给gap open罚分高，给gap extension罚分低，增加起始空位罚分的数值可以减少空区的数量，增加延伸空位罚分的数值可以减少插入空区的长度；后面的no end gaps选择no即表示由末尾长度不一致导致的空位不算入罚分内。
protein weight matrix指蛋白质权重矩阵，考虑的是同一位置中不同残基替代对序列结构与功能的不同影响，可以提高同源分析的敏感性与准确性。blosum系列矩阵适合于对数据库进行同源性检索；pam系列矩阵，gonnet系列矩阵参考的数据依次要求增高。
大部分参数默认就好了，需要说明的是clustering，这里表示绘制tree的方法，这里是这个程序的默认方法，即 NJ tree，这种方法要求比对的序列同源性较好，如果相似性很低，就会出现长支吸引现象，影响同源性分析的准确性。
同源性分析是个很复杂的问题，没有人能保证100%的预测准确的。 so goodluck~。
答：请问你是那个地区的，我们这边就是250-300左右，不同级别的医院有不同的收费！你最好是去当地医院咨询一下。详情>>
答：详情>>
