虽然我国苹果的生产取得了很大的成绩，但目前存在的问题 也很突出。主要问题有安全性差、品质差、单产低、效益低、大 小年严重、商品率低、服务体系不够健全、品种搭配不尽合理等。大量农药、化肥的投入虽然造就了我国苹果生产第一大国的 地位，但是也不可避免地影响了果实的安全性。
  我国绝大部分苹 果主产区以化肥为主进行施肥，每年打药次数在12~16次之多， 严重影响了苹果的安全性。土壤有机质含量低、理化性状恶化也是我国苹果生产普遍存 在的问题。我国多数苹果果园土壤较瘠薄，有机质含量低于 1%;绝大部分果园土壤管理制度以清耕为主，生草和覆草的果 园所占比例极少；高密度、超高产等掠夺性的经营模式导致果园 土壤、生态条件恶化，在很大程度上制约了果园环境改善和土壤 有机质水平的提高；施肥种类不合理，长期以施化肥为主，有机肥投入严重不足，从而导致土壤结构破坏、保肥贮水能力差。
  这 也是造成苹果园产量低、果品质量差的重要原因之一。2010年我国苹果单位面积产量为16269千克/亩，居世界第 24位，与澳大利亚的54426千克/亩、瑞士的47547千克/亩、 新西兰35923千克/亩等差距甚大，单产低及品质差影响了果农 收益，也造成了极大的资源浪费。
  近年来，我国大力推广了辅助 授粉、疏花疏果、果实套袋以及摘叶转果、铺反光膜等技术，并 普及了无公害果品生产，有效提高了果品品质和安全质量水平。 但与先进国家相比，苹果质量水平仍有较大差距，如美国、曰 本、新西兰等国的优质果率高达70%~80%以上，高档果率也 在35%~50%左右。
  此外，还存在口感差、风味淡、不耐贮运 等品质冋题。果园的光照郁闭是造成目前我国苹果品质差、效益低的主要 原因，这种现象主要是由树形、砧木、密度三者不配套造成的。 我国的苹果生产以乔化密植为主，采用纺锤形、小冠疏层形、三 主枝疏散分层形、主干形等树形，这些树形虽然可以实现早期丰 产，但7年以后随着果树进入盛果期，树冠光照开始逐渐恶化， 成花困难，果实产量降低，品质变差，大小年严重，结果寿命缩 短。
  产生这种现象的根本原因在于果树碳水化合物的分配存在由 源到库和就近供应的特性，苹果的花芽分化和生长，以及果实的 生长所需养分绝大部分都是来自附近的叶片，因此树冠光照郁闭 以后造成了功能叶片光合能力降低，果树的产量和品质也就下来 了。要想提高品质和效益就需要对现有的树形进行彻底改造。