自交系是指一个单株经连续自交后，所获得的性状整齐一致的后代。玉米是异花授粉作物，在一般大田种植的条件下，不同品种（系）、不同植株之间，容易串花（粉），95%以上的籽粒，都是由别的植株花粉授粉结实的。如果用人工套袋，将本株的花粉授在同株的花丝上，使之受精结实，这便叫自交。
  第二年用自交的种子播种，从中选优良单株继续自交，这样连续自交4〜5代后，其后代的生育期、苗色、株型、叶型、株高、穗位及果穗性状等都会整齐一致，便成为一个自交系。制种用的自交系如队17、自330、X178、昌72、掖478等，都是这样选育出来的。
  选育玉米杂交种时，为什么一般都不用现成品种而用自交系来配制杂交种？这是因为用纯合的亲本杂交时，其杂种的优势最大。玉米是异花授粉作物，天然杂交率高，每个品种实际上都是一个混杂群体，遗传性很不纯。用这样遗传性不纯的亲本杂交，不仅双亲的不良性状会遗传给杂交种，优势低。
  而且6会出现性状分离而生长不整齐，而用自交系杂交时，便可克服这些缺点。在一般的玉米品种群体中，制约某些性状的隐性基因常被同时存在的相应显性等位基因所掩盖，所以通常不表现出隐性性状。但通过人工自交，后代会发生性状分离，许多不良的隐性性状得以表现，如出现白苗、花苗、畸形、卷叶、窄叶、小穗、不育、雄花结籽、容易感病、倒伏等，通过选择，汰劣留优。
  这样，其遗传基因会愈来愈纯合而成为纯合体，后代不再分离。所以，自交系不仅可克服原有品种的缺点，使其优良性状得到积累、加强；而且每个单株的性状都很稳定一致。当然，对天然异花授粉的玉米，进行多代自交后，其生活力会不同程度地衰退，如生长势弱，植株变矮，果穗变小，单株产量降低等，不能用于生产。
  但用遗传性不同的自交系再杂交后，的生活力不仅不衰退，而且可聚集各亲本自交系的优良性状，表现较大的杂种优势，性状也整齐一致。另外，玉米为雌、雄异花，人工自交也简单易行,选育自交系并不太难。所以，常用于玉米的杂种优势利用中。