申请设立外商投资商业企业，应当注意的问题有：
1、境外投资者不得作为个体工商户、个人独资企业投资人、农民专业合作社成员，从事投资经营活动。
2、境外投资者不得投资《外商投资准入负面清单》中禁止外商投资的领域；投资《外商投资准入负面清单》之内的非禁止投资领域，须进行外资准入许可；投资有股权要求的领域，不得设立外商投资合伙企业。
申请设立外商投资商业企业，应当提交下列文件：
（1）申请书；
（2）投资各方共同签署的可行性研究报告；
（3）合同、章程（外资商业企业只报送章程）及其附件；
（4）投资各方的银行资信证明、登记注册证明（复印件）、法定代表人证明（复印件），外国投资者为个人的，应提供身份证明；
（5）投资各方经会计师事务所审计的最近一年的审计报告；
（6）对中国投资者拟投入到中外合资、合作商业企业的国有资产的评估报告；
（7）拟设立外商投资商业企业的进出口商品目录；
（8）拟设立外商投资商业企业董事会成员名单及投资各方董事委派书；
（9）工商行政管理部门出具的企业名称预先核准通知书；
（10）拟开设店铺所用土地的使用权证明文件（复印件）及（或）房屋租赁协议（复印件），但开设营业面积在3000平方米以下店铺的除外；
（11）拟开设店铺所在地政府商务主管部门出具的符合城市发展及城市商业发展要求的说明文件。
（12）非法定代表人签署文件的，应当出具法定代表人委托授权书。
【法律依据】
《外商投资法》第四条 国家对外商投资实行准入前国民待遇加负面清单管理制度。
前款所称准入前国民待遇，是指在投资准入阶段给予外国投资者及其投资不低于本国投资者及其投资的待遇；所称负面清单，是指国家规定在特定领域对外商投资实施的准入特别管理措施。国家对负面清单之外的外商投资，给予国民待遇。
负面清单由国务院发布或者批准发布。
中华人民共和国缔结或者参加的国际条约、协定对外国投资者准入待遇有更优惠规定的，可以按照相关规定执行。