公司车辆违章，应该由违章时的实际驾驶人去处理。
开车违章的处理方式为：
1、行为人应准备好处理违章的材料，比如驾驶证；
2、查看违章是否是自己的车辆；
3、填写交通违法当事人自愿接受处罚确认书；
4、填写好后交通部门会给一张罚单去交钱。
办理违章扣分需要以下证件：
1、机动车驾驶人的身份证明（原件及复印件）；
2、机动车行驶证；
3、驾驶人本人近期一寸免冠白底彩色照片四张；
4、县级或部队团级以上医疗机构出具的《机动车驾驶人身体条件证明》。
汽车违章罚款缴纳方式有：
1、自助机具转账方式：缴款人可持卡内有足额现金的本市银行借记卡或信用卡通过本市银行的自助终端、存取款一体机进行转账自助缴纳。
2、现金方式：持现金的缴款人可通过本市银行的存取款一体机自助缴纳100元整数倍罚款，对于处罚金额为50元奇数倍或处罚金额为50元以下的，可通过本市银行指定网点的柜面办理。
3、网上银行方式：已开通银行网上银行的缴款人，可以通过银行网上银行进行自助缴纳。
4、自助缴款方式：该卡内附有机动车驾驶人身份信息的芯片，可以通过人机对话的方式履行适用简易程序处理非现场交通违法的法律程序。机动车驾驶人持卡，可以通过银行的网上银行、电话银行、银行各家网点的多媒体自助终端等多种方式自助缴纳各类交通违法罚款。
【法律依据】
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第二十三条，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为除给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分（以下简称记分）制度，记分周期为12个月。对在一个记分周期内记分达到12分的，由公安机关交通管理部门扣留其机动车驾驶证，该机动车驾驶人应当按照规定参加道路交通安全法律、法规的学习并接受考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
应当给予记分的道路交通安全违法行为及其分值，由国务院公安部门根据道路交通安全违法行为的危害程度规定。
公安机关交通管理部门应当提供记分查询方式供机动车驾驶人查询。
《中华人民共和国道路交通安全法》第一百零八条，当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。
对行人、乘车人和非机动车驾驶人的罚款，当事人无异议的，可以当场予以收缴罚款。
罚款应当开具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据；不出具财政部门统一制发的罚款收据的，当事人有权拒绝缴纳罚款。