全部行政诉讼证明标准可以被理解为认定行政案件事实需要达到的证明程度，事实审查标准则可以被理解为第二审程序对第一审程序中认定事实的审查标准。这两者之间的联系主要在于：事实审查标准是二审法院对一审法院认定的事实是否符合证明标准所进行的审查，它以证明标准为基础而又凌驾于证明标准之上，是对一审法院是否适用了适当的证明标准进行的衡量。这两者之间的区别主要在于：行政诉讼证明标准适用于一审行政案件，事实审查标准适用于二审行政案件。而且，行政诉讼证明标准具体、明确、具有较强的可操作性，事实审查标准与之相比则较为原则、抽象。
在适用行政诉讼证明标准时，可参照相关法律、司法解释，如：限制行政相对人人身自由权的案件、行政征收案件等适用“排除合理怀疑标准”；行政裁决案件、由原告承担证明责任的案件等适甩“优势证明标准”等等。在适用事实审查标准时，需要注意，由于第二审是对第一审认定的事实进行复审，第二审法院不能简单地以自I己认定的事实取代第一审法院认定的事实，即第二审法院不能推倒重来地对案件事实进行重新审判。另外，虽然第二审法院对第一审法院认定事实的判断标准是事实是否清楚、证据是否确实充分，但第二审法院对第一审法院认定的事实进行衡量时，应具体化为相应的证明标准的适用是否适当，依据该证明标准来决定事实是否清楚、证据是否确实充分。
在行政审判实践中，法官应注意区分行政诉讼证明标准与事实审查标准，注意这两者运用的不同，以达到正确适用的目的。
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