农村医疗保险报销比例是：
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%;镇卫生院就诊报销40%;二级医院就诊报销30%;三级医院就诊报销20%。
1、门、急诊医疗费用：在职职工年度内(1月1日~12月31日)符合基本医疗保险规定范围的医疗费累计超过2000元以上部分。
2、结算比例：合同期内派遣人员2000元以上部分报销50%，个人自付50%;在一个年度内累计支付派遣人员门、急诊报销最高数额为2万元。
3、参保人员要妥善保管好在定点医院就诊的门诊医疗单据(含大额以下部分的收据、处方底方等)，作为医疗费用报销凭证。
4、三种特殊病的门诊就医：参保人员患恶性肿瘤放射治疗和化学治疗、肾透析、肾移植后服抗排异药需在门诊就医时，由参保人就医的二、三级定点医院开据“疾病诊断证明”，并填写《医疗保险特殊病种申报审批表》，报区医保中心审批备案。
农村医疗保险报销范围
1、门诊补偿：
(1) 村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
(2) 镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
(3) 二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(4) 三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(5) 中药发票附上处方每贴限额1元。
(6) 镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
2、住院补偿
(1) 报销范围：
①药费：辅助检查：心脑电图、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。
②60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
(2) 报销比例：
镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
3、大病补偿
(1) 镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
农村医疗保险存在的问题
1、农村原有合作医疗保险制度在短期内难以恢复重建。1976年以来，随着农村联产承包责任制的推行，基层合作医疗制度逐渐流于形式或自行解体。首先，资金来源有限，但支出具有明显的失控现象。
其次，干部和村民享受医疗保健服务不平等，是合作医疗难以恢复的原因之一，但更重要的是收入机制的转变，彻底打击了合作医疗赖以存在的基金筹资基础。
2、城乡之间医疗保健资源分配不均，卫生资源配置不合理。医术较高的医务人员多聚集在大医院，农村大多数人经常利用的卫生资源是村卫生室或个体乡村医生，然而村里的卫生人员多半没有参加过正规的培训，并且有相当一部分村卫生室没有必要的消毒设备。
农村人口居前三位的疾病分别是呼吸系统疾病、恶性肿瘤和脑血管疾病。患此类病多数会导致家庭收入下降，甚至陷入贫困，而这些疾病的发生原本可以通过保健知识的传播和普及而降低，但由于政府在农村的设施和预防工作投资不足，难以开展有效的宣传活动。
3、农村合作医疗政策不稳定。经济体制改革以后，国家对合作医疗采取了放任自流的态度，合作医疗从国家政策变成了地方政策，这就使得发展农村合作医疗失去了国家政策的“强制性”威力，主动性大大下降，没有足够的动力推动合作医疗政策的实施。再者，20世纪90年代以后，国家为减轻农民负担，取消了强制性“合作医疗”项目，这一政策与国家扶持发展农村合作医疗的政策相冲突，因而加大了发展农村合作医疗的难度。
4、农村医疗缺少保险立法。没有专门的法律法规保障农村的合作医疗制度，因此农村医疗迟迟不能走上正轨。没有法律制度的保障，使得合作医疗的性质不能准确地确定下来，其在整个社会保障体系中的作用也难以定位，缺乏稳定性和持续性，容易产生混乱。农村医疗保险立法必须符合我国现阶段经济发展状况和农民需要，如果不能切实减轻农民医疗负担，以强制为原则，必然会引起农民反感。
【法律依据】
《实施<中华人民共和国社会保险法>若干规定》第八条
参保人员在协议医疗机构发生的医疗费用，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
参保人员确需急诊、抢救的，可以在非协议医疗机构就医；因抢救必须使用的药品可以适当放宽范围。参保人员急诊、抢救的医疗服务具体管理办法由统筹地区根据当地实际情况制定。