全部工程质量保证金什么时候返还这个问题，需要区分合同有效和无效的情形。
第一种情形：双方签订的建设工程施工合同有效，且对质量保证金返还期限双方作出约定，应在约定质量保证金期限届满后返还。
第二种情形：双方签订的建设工程施工合同有效，但对质量保证金返还期限双方未作约定的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年返还质保金。
第三种情形：若双方签订的建设工程施工合同无效，约定的质量保证金返还条款为无效条款，应按双方没有约定处理，自建设工程通过竣工验收之日起满二年返还质保金。
如果因发包人原因致使建设工程未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日开始计算工程质量保证期限。
【法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(二)》第八条，有下列情形之一，承包人请求发包人返还工程质量保证金的，人民法院应予支持：
(一)当事人约定的工程质量保证金返还期限届满。
(二)当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年。
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