如企业为增值税一般纳税人，销售货物和提供增值税应劳务，纳税义务时间与会计确认收入相一致，同时又发生让渡资产使用权等业务，显然会产生同期企业所得税申报表主营业务收入大于增值税申报表中的销售货物和提供应税劳务金额。这就是说主营业务收入中即有增值税应税收入，又有营业税应税收入时，两报表一定存在不一致情形。
  
　　此外，对于仅发生增值税应税业务的企业，也会存在两表收入（仅以销售商品收入为例）不同情形。这是因为在确认收入时，企业所得税规定与会计核算基本相同，较注重商品风险转移、商品管理权等。企业所得税中的确认收入是根据《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函[2008]875号）文件规定：一、除企业所得税法及实施条例另有规定外，企业销售收入的确认，必须遵循权责发生制原则和实质重于形式原则。
  
　　（一）企业销售商品同时满足下列条件的，应确认收入的实现：
　　1。商品销售合同已经签订，企业已将商品所有权相关的主要风险和报酬转移给购货方；
　　2。企业对已售出的商品既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，也没有实施有效控制；
　　3。
  收入的金额能够可靠地计量；
　　4。已发生或将发生的销售方的成本能够可靠地核算。
　　（二）符合上款收入确认条件，采取下列商品销售方式的，应按以下规定确认收入实现时间：
　　1。销售商品采用托收承付方式的，在办妥托收手续时确认收入。
　　2。
  销售商品采取预收款方式的，在发出商品时确认收入。
　　3。销售商品需要安装和检验的，在购买方接受商品以及安装和检验完毕时确认收入。如果安装程序比较简单，可在发出商品时确认收入。
　　4。销售商品采用支付手续费方式委托代销的，在收到代销清单时确认收入。
  
　　而增值税对此主要采用销售结算方式来确认纳税义务。据增值税暂行条例实施细则：第三十八条条例第十九条第一款第（一）项规定的收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天，按销售结算方式的不同，具体为： 
   　（一）采取直接收款方式销售货物，不论货物是否发出，均为收到销售款或者取得索取销售款凭据的当天；
　　（二）采取托收承付和委托银行收款方式销售货物，为发出货物并办妥托收手续的当天；
　　（三）采取赊销和分期收款方式销售货物，为书面合同约定的收款日期的当天，无书面合同的或者书面合同没有约定收款日期的，为货物发出的当天；
　　（四）采取预收货款方式销售货物，为货物发出的当天，但生产销售生产工期超过12个月的大型机械设备、船舶、飞机等货物，为收到预收款或者书面合同约定的收款日期的当天；
　　（五）委托其他纳税人代销货物，为收到代销单位的代销清单或者收到全部或者部分货款的当天。
  未收到代销清单及货款的，为发出代销货物满180天的当天；
　　（六）销售应税劳务，为提供劳务同时收讫销售款或者取得索取销售款的凭据的当天；
　　（七）纳税人发生本细则第四条第（三）项至第（八）项所列视同销售货物行为，为货物移送的当天。
　　通过上述规定对比，增值税是根据销售结算方式确认纳税义务时间来填报增值税申报表，而企业所得税则是按照销售方式确认收入，两者由于对同一销售对象确认收入口径不同而产生差异，这也是客观原因所致。
  
　　但有一种情况值得注意。增值税暂行条例中对纳税义务时间规定了“先开具发票的，为开具发票的当天”。在实务处理中，该种经济业务存在很大纳税风险。如在没有真实的货物交易或提供应税劳务的前提下，开具了增值税专用发票，按规定发生了纳税义务。可却不能确认企业所得税收入、成本，同时取得增值税专用发票方涉嫌虚拟购销业务而减少纳税等等风险可能出现。
  这种情况而产生的两表收入不同，应关注国家税务总局《进一步加强税收征管若干具体措施》（国税发[2009]114号）文件第七条：加强企业计税收入管理。加强对纳税人以非货币形式取得收入的核实力度。着重对同一申报属期的增值税销售收入和所得税营业收入存在明显差异的纳税人进行分析排查，有重大问题的将追溯到以往年度。
  
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