目前诊断生殖器疱疹主要靠病史、症状和体征:
主要诊断依据有:
一、有婚外性生活或配偶生殖器疱疹病史，或其他密切接触史。
二、存在典型的临床表现,外阴部成群水疱、局部灼热感、有复发史、病程较短等，初次发作或反复发作者。
三、结合实验室检查以明确诊断。
为了证实生殖器HSV感染的诊断，有必要证明患者体内有单纯疱疹病毒的出现。检测血流中的HSV抗体是不充分的，因为这并不能确定HSV感染的部位。
通常程序是医生用棉拭子采集水疱的疱液、溃疡组织液或生殖器分泌物标本，并送检分析。实验室分析通常采用病毒培养（在细胞及培养基中有病毒生长）或抗原检测法（特异性地识别病毒的成分）。
由于生殖器疱疹患者可能同时合并其它的性传播感染，应作全面的泌尿生殖器检查。对女性作检查时，可能包括宫颈涂片检查。
生殖器疱疹常捉摸不定,对于不同的个体而言，生殖器疱疹症状的严重程度变化很大。初发症状可很轻微以致未被注意到，而第一次复发可发生在初发感染多年之后。高达60%的生殖器HSV感染者可不出现疱疹的体征.如果患了初次发作的生殖器疱疹，除了有生殖器部位的激惹症状外，可能还有全身不适、发热、头痛、全身关节和肌肉疼痛。这些症状可持续数天，在此期间或之后，生殖器部位可出现红斑。这些红斑可发展为疼痛性水疱。然后水疱破裂，常常遗留溃疡。后者逐渐结痂愈合，通常不留瘢痕。
