甲型H1N1流感病毒猪流感其早期症状与普通流感相似,包括发热、咳嗽、喉痛、身体疼痛、头痛等,有些人还会出现腹泻或呕吐、肌肉酸痛或疲倦、眼睛发红等症状。部分患者病情可迅速发展,来势凶猛、突然高热、体温超过38℃,甚至继发严重肺炎、急性呼吸窘迫综合症、肺出血、胸腔积液、全身血细胞减少、肾功能衰竭、败血症、休克及Reye综合症、呼吸衰竭及多器官损伤,导致死亡。患者原有的基础疾病亦可加重。美国2009年疫情中发现病例的主要表现为突然发热、咳嗽、肌肉痛和疲倦,其中一些患者还出现腹泻和呕吐症状;墨西哥发现病例还出现眼睛发红、头痛和流涕等症状。发病人群多为青壮年,而不是季节性流感的易感人群——老人和儿童,这与人禽流感非常相似。