克罗恩病在4岁以前少见，常在青春期出现症状。临床表现以腹痛、腹泻、腹部包块，瘘管形成和肠梗阻为特点。可伴发热、贫血、营养障碍及关节、皮肤、眼，口腔黏膜、肝脏等肠外损害。
1.消化系统表现
（1）腹痛为最常见症状。位于右下腹或脐周，间歇性发作，为痉挛性疼痛伴肠鸣。餐后加重，排便后暂时缓解。若持续腹痛，压痛明显，提示炎症波及腹膜或腹腔内脓肿形成。全腹剧痛和腹肌紧张，可能为病变肠段引起急性穿孔。
（2）腹泻为常见症状。由病变肠段炎症渗出，蠕动增加及继发性吸收不良引起，腹泻初期为间歇性发作，病程后期为持续性。大便呈糊状，无脓血或黏液，病变涉及结肠下段或直肠者可有黏液血便及里急后重。
（3）腹部包块因肠粘连，肠壁与肠系膜增厚、肠系膜淋巴结肿大、内瘘或局部脓肿形成所致。以右下腹与脐周常见。
（4）瘘管形成因透壁性炎性病变穿透肠壁全层至肠外组织或器官而形成瘘管。内瘘可通向其他肠段、肠系膜、膀胱、输尿管、阴道、腹膜后等处。克罗恩病临床特征之一是瘘管形成。
（5）肛门直肠周围病变部分患者有肛门直肠周围瘘管脓肿形成及肛裂等病变。
2.全身表现
（1）发热常见间歇性低热或中等度发热，少数呈弛张热伴毒血症，发热是由于肠道活动或继发感染引起。
（2）营养障碍出现消瘦、贫血、低蛋白血症、维生素缺乏、缺钙、骨质疏松等，由慢性腹泻、食欲减退及慢性消耗疾病所致。部分患儿以发育迟缓为首发症状。
急性发作期可出现水电解质紊乱。
3.肠外表现
部分病人有杵状指、关节炎、虹膜睫状体炎、葡萄膜炎、结节性红斑、坏疽性脓皮病、口腔黏膜溃疡、小胆管周围炎、硬化性胆管炎、慢性肝炎等。偶见淀粉样变性或血栓栓塞性疾病。
