大肠黏膜的上皮和大肠腺均含有许多分泌黏液的杯状细 胞。因此，大肠的分泌富含黏液，黏液能保护肠黏膜和润滑粪 便。结肠还分泌碳酸氢盐，故大肠液呈碱性（pH8.3〜8.4)。大 肠液的分泌主要是由食物残渣刺激肠壁引起，可能通过局部反 射完成。副交感神经兴奋可使分泌增加，交感神经兴奋则使正 在进行着的分泌减少。
大肠内有许多细菌，这些细菌主要来自食物和大肠内的繁 殖。大肠内的酸碱度和温度对一般细菌的繁殖极为适宜，故细 菌在此大量繁殖。细菌中含有能分解食物残渣的酶，对食物残 渣中的糖类和脂肪的分解称发酵作用，其分解产物有单糖、醋 酸、乳酸、二氧化碳、沼气、氢气等。如这类产物很多，就会 刺激大肠而引起腹泻。对蛋白质的分解称为腐败作用，其分解 产物，除肽、氨基酸、氨等外，还有多种具有毒性的物质，如 吲哚、酚等，这类物质产生后，一部分被吸收入血到肝解毒， 另一部分则随粪排除。
大肠细菌能利用大肠的内容物合成人体必需的某些维生 素，如维生素B,，维生素B2及叶酸、维生素K。经细菌分解作用 后的食物残渣及其分解产物、肠黏膜的分泌物、脱落的肠上皮 细胞和大量的细菌一起组成粪便。人体大肠内细菌构成一个巨 大而复杂的生态系统，对于维持人体正常的内环境稳定具有十分重要的作用。
首先，大肠内细菌来源于空气和食物中的细菌，它们经口 腔进入消化道，由于结肠缓慢运动，温度和pH合适等，使细菌 得以在这里大量繁殖。细菌中含有酶，能使纤维素和糖类分解 或发酵，产生乳酸、乙酸、二氧化碳和甲烷等，还可使脂肪分 解成脂肪酸、甘油和胆碱等。有些细菌能使蛋白质分解成氨基 酸、肽、氨、硫化氢、组胺和吲哚等，使粪便有臭味。结肠中 的细菌，还能合成微量的维生素，主要是B族维生素和维生素 K，对人体代谢和维持某些功能具有重要作用。所以长期地或不 适当地使用抗生素，使维生素的合成和吸收不良，易引起维生 素缺乏或其他疾病。
大肠内的菌群组成在正常情况下是稳定的，微生物之间的 相互作用是调节结肠固有菌群的重要因素。肠道菌群还能产生 各种物质抑制其他菌种生长，甚至以此作为自身调节的方式， 控制自身生长，如大肠菌素和短链脂肪酸等，都具有抑制细菌 繁殖的作用。
