肝脏移植后大多数PBC病人的AMA仍持续阳性。7%的移植后病人,移植的肝脏有再发PBC的病理学表现(充血性胆管病变)的证据。不过单独性充血性胆管病变的出现现在还远没有什么临床意义。肝脏移植后的一小部分PSC病人,也发现胆管狭窄重新发生的证据。然而,肝脏移植后胆管狭窄的发生可能由轻度的细菌性胆管炎引起,这与PSC病人常规性实施的R0UX-enY形吻合术有关系。此外,排斥反应、缺血、A、B、0血型不合和可能的巨细胞病毒或其他病毒感染可造成肝脏移植后胆管的狭窄。因此很难归结肝脏移植后的胆管狭窄的原因,确定性就是PSC的复发。