通过财务分析，有利于农村企业强化经营管理，提高决策水 平，促进企业经营目标的实现，但财务分析的结果不是绝对的，有 可能会与实际情况相距甚远，即财务分析具有一定的局限性。资料来源的局限性。财务报表是财务分析的主要依据，财务报表数据的局限性决定了财务分析的局限性。
  缺乏可比性。财务分析实际上就是数据资料的比较过程，而比 较的双方必须具有可比性才有意义。然而数据是否可比受众多条件 的制约，如计算方法、计价标准、时间跨度和经营规模等。一旦这些条件发生变动而企业在分析时又未予以考虑，必然对分析的结果 造成不利影响。
  缺乏可靠性。可靠的数据才能提供可靠的信息。但报表数据是 否真实可靠，不仅受制于企业的主观因素及人为因素，而且还受通 货膨胀的影响，同时也与会计方法的有效性密切相关。如果通货膨胀严重、会计方法不当或者过多地掺杂了各种人为因素和主观因 素，就必然使财务报表数据缺乏真实可靠性，从而影响财务分析的结果。
  存在滞后性。进行财务分析，不单是为了评价企业以往的财务 状况，更主要是在于对企业未来的经营理财活动进行指导和规划。 而财务报表的各项数据及其他有关。资料大多属于企业的历史资料， 有一定的滞后性。如果单纯依据这些资料而不考虑企业的发展变化 情况，其分析结果的有效性会大打折扣，严重时还有可能会对企业的决策行为产生误导。
  分析方法的局限性。具有可比性是进行财务分析的前提。而 各种方法运用的有效性都是以各种条件不变或具有可比性为前提假 设的。一旦这些前提条件发生变化或者不再具备，财务分析的结果就会与实际相背离，而这种变化是客观存在的。分析指标的局限性。出于技术水平和人们对财务指标的认识 深度不同，以及数据资料准确性和真实性的限制，任何一个财务分 析指标在计算取值、计算公式、计算口径等方面都存在着不同程度的缺陷，难以对企业真实的经营理财状况作出正确的评价。
  同时， 如何将资金时间价值观念纳入财务分析当中、如何消除非正常因素的影响等都缺乏统一规定及标准，所有这些同样会降低财务指标的 有效性。