磁盘文件损坏不一定是病毒所为，文件的损坏有多种原因，电源电压波动、掉电、磁化、磁盘质量低劣、硬件错误、其他软件中的错误、灰尘、烟灰、茶水，甚至一个喷嚏都可能导致数据丢失。以上所举对文件造成的损坏，会比病毒造成的损失更常见，更严重。
反病毒软件不一定能够杀除所有已知病毒，病毒感染方式很多，有些病毒会强行覆盖执行程序的某一部分，将自身代码嵌入其中，以达到不改变被感染文件长度的目的，被这样的病毒覆盖掉的代码无法复原，因此这种病毒是无法安全杀除的。 病毒破坏了文件的某些内容， 在杀除这种病毒后是不能恢复文件的原貌的。
使用杀毒软件不代表就可以免受病毒的侵扰，目前市场上出售的杀毒软件，都只能在病毒泛滥之后才“一展身手”。但在杀毒之前病毒已经造成了工作的延误、数据的破坏或其他更为严重的后果。所以，应该选择一套完善的反毒系统，它不仅应包括常见的查、杀病毒功能，还应该同时包括有实时防毒功能，能实时地监测、跟踪对文件的各种操作，一旦发现病毒，立即报警，只有这样才能最大程度地减少被病毒感染的机会。
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