当人体感染支原体、衣原体后，产生特异性的免疫，但是这种免疫力较弱，持续时间短暂，因此，支原体、衣原体感染容易造成持续，反复感染，以及隐性感染。细胞免疫方面，大部分活动性已治愈的衣原体患者，给予相应的抗原皮内注射时，常引起迟发型变态反应。这种变态反应可用淋巴细胞进行被动转移。此种免疫性很可能是T细胞所介导。体液免疫方面，在支原体、衣原体感染后，在血清和局部分泌物中出现中和抗体。中和抗体可以阻止衣原体对宿主细胞的吸附，也能通过调理作用增强吞噬细胞的摄入。
1.支原体是一种小于细菌、大于病毒的病原微生物，常常通过飞沫传播引起呼吸道感染。支原体肺炎是近年来深受临床关注的一类肺炎，及时用药有效且治疗后果良好。如果用药不对路，不仅加重病情，而且会产生脑炎、脑膜脑炎和心脏、肝脏损伤等严重的并发症。
【必须强调的是，常用于治疗呼吸道感染和肺炎的青霉素类和头孢菌素类抗生素，其抗菌原理为阻止细胞壁合成。而支原体无细胞壁。因此，这两类药用于支原体肺炎就是“不对路”了】。
2.支原体、衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于支原体、衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。支原体、衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
【治疗支原体衣原体感染首选的药物】：
大环内酯类抗生素（包括阿奇霉素、红霉素）对支原体感染是首选，如果过敏的话也可以采用先锋类，口服的比如头孢拉定、头孢克肟等，静脉输液可以选用头孢派酮舒巴坦钠。
举例：
单纯衣原体和支原体检测阳性多数不是病态
衣原体和支原体是我们身体很多地方正常存在的菌群，如眼睛，鼻孔，肛门，口腔，阴道等地方，只要它不是比例过大引起症状（痒痛难忍肿胀，发烧等），就不能算病，更用不着治疗，如果大量抗菌素导致了菌群失调反而成了病态。但是如果比例超过正常引起上述部位痒痛难忍肿胀，发烧等，就是衣原体和支原体炎症，才需要治疗，用大环内脂类药物效果好，口服红霉素和阿奇霉素效果就很好，用不着输液等。所以单纯衣原体和支原体检测阳性多数不是病态，只能说明阴道正常，宫颈糜烂是雌激素水平高引起的，与衣原体等无关。
如果反复治疗可能导致阴道痒，这就可能是菌群失调，停用所有用物，不要洗涤阴道，观察一周一般就会好拉。如果不好，做个阴道镜和细菌培养，然后对因治疗，药到病除。
