1.肺念珠菌病
（1）支气管念珠菌病氟康唑，也可选用伊曲康唑；若鉴定为耐氟康唑非白念珠菌可选用伏立康唑口服、棘白菌素类或两性霉素B静脉给药。疗程持续至症状消失或合格痰标本真菌培养连续2次阴性。
（2）原发性念珠菌肺炎①病情稳定者给予氟康唑静脉滴注，病情改善后改用口服；②病情不稳定者给予氟康唑联合5-氟胞嘧啶，亦可使用伊曲康唑静脉给药；③耐氟康唑肺非白念珠菌病：选择两性霉素B（除外季也蒙念珠菌及葡萄牙念珠菌）、伏立康唑、棘白菌素类。
（3）继发性念珠菌肺炎（包括原发性肺念珠菌病合并播散）有深静脉导管者应拔除导管，按病情处理：①病情稳定者给予氟康唑静脉滴注，曾接受较多三唑类（氟康唑、伊曲康唑）预防性用药者可选择卡泊芬净或米卡芬净静脉滴注或两性霉素或含脂两性霉素B；②对于病情不稳定者，一种方法是给予两性霉素B（或相当剂量的含脂质制剂），或联合5-氟胞嘧啶口服或静脉给药；在血培养转阴性、症状体征改善或消失、中性粒细胞恢复正常水平后改为氟康唑口服14天；另一种方法是给予氟康唑+两性霉素B（或相当剂量的含脂制剂）5-6天后，改为氟康唑口服；第3种方法是给予伏立康唑或棘白菌素类。
（4）念珠菌球或局限性肺部病变药物治疗效果不佳，但全身状况能耐受手术者，可考虑手术治疗。过敏型给予对症治疗，可试用激素，抗真菌药物治疗价值尚不确定。
2.肺曲霉病
（1）寄生型肺曲霉球频繁或大量咯血时推荐手术切除，不能耐受手术者可采用支气管动脉栓塞止血；抗曲霉药物全身应用疗效不肯定，口服伊曲康唑可能有益；
（2）过敏型首选激素治疗，疗程3个月；其后1年内必须密切随访，若出现血清总IgE升高或X线胸片出现浸润，即使没有症状，也需按急性期方案给予再次治疗；慢性激素依赖性哮喘期和肺纤维化期患者需要长期应用激素，提倡隔日服药以减少药物不良反应，近年倾向于激素联合伊曲康唑，减少激素用量。吸人用激素制剂可以改善哮喘症状，但不影响肺部浸润的吸收。
（3）侵袭型可选用：伏立康唑，伊曲康唑，卡泊芬净或米卡芬净，含脂质两性霉素B。现在一般认为轻、中症肺曲霉病或作为经验性用药可选择伊曲康唑，病情较重者则应当选择伏立康唑，当患者不能耐受其他药物或其他药物无效时应改用棘白菌素类，极危重患者抢救可考虑联合用药。
3.肺隐球菌病
（1）免疫功能正常者的肺隐球菌病①无症状者：医学观察或口服氟康唑，疗程3～6个月；②轻、中症状患者：口服氟康唑或伊曲康唑，疗程6～12个月；不能口服者应用两性霉素B。③重症患者：两性毒素B（或相当剂量含脂制剂）+5-氟胞嘧啶，退热或培养转阴（约6周）后，改用氟康唑口服持续24个月；④合并隐球菌脑膜炎患者：首选两性霉素B+5-氟胞嘧啶连续2周，然后改用氟康唑维持治疗至少10周；也可采用两性霉素B+5-氟胞嘧啶连续治疗6～10周。
（2）HIV/AIDS或其他免疫抑制者的肺隐球菌病①轻中症患者：氟康唑或伊曲康唑，剂量同免疫功能健全者，终生使用；②重症患者：诱导期两性霉素B联合5-氟胞嘧啶使用2周，巩固期氟康唑连用10周，以后加强期氟康唑终生应用；③合并隐球菌脑膜炎患者：强化期治疗首选两性霉素B十5-氟胞嘧啶连续2周，然后改用氟康唑至少10周。强化期治疗结束后应继续终生维持治疗，维持治疗可选的药物为氟康唑、伊曲康唑。
（3）肺隐球菌病的手术治疗指征肺隐球菌病通常很少需要手术治疗，但对于抗真菌治疗后仍持续存在的局限性病变或复发性局限性病变可以考虑手术治疗。
4.肺孢子球菌病
首选TMP-SMZ,口服，治疗效果：AIDS患者反应慢（5～9天），不良反应多，非AIDS患者反应快（3～5天），不良反应少。AIDS并发PCP时疗程为3周，非AIDs患者可缩短至14d，临床需要视治疗反应进行个体化处理。评估TMP-SMZ无效或治疗失败需要观察4-8d才能判断,确定无效再改用其他方案。AID患者在疗程结束后仍需继续预防性用药。氨苯矾和氨苯矾-伯氨哇琳是最有效的替换预防方案，不能耐受磺胺类的患者同样可能对氨苯矾难以耐受。
其他肺部真菌病包括：①肺毛霉病：糖尿病酸中毒和中性粒细胞减少是发生肺毛霉病的重要危险因素，迅速控制此类基础疾病，对改善预后十分重要。目前临床有确切疗效的是两性霉素B。②肺组织胞浆菌病：在我国很少见，本病临床表现多种多样，与结核病颇为类似。免疫功能正常者轻症时可以不治疗；中度或免疫损害患者选用伊曲康唑，过去主张疗程1年，近来认为短程同样适用。重症则首先应用两性霉素B，总量达1.0g，然后改用伊曲康唑口服治疗9个月。若合并脑膜炎则不推荐使用伊曲康唑。③肺马内菲青霉病：经呼吸道吸入，原发感染在肺部，类似结核或细菌性肺炎、肺脓肿，很容易经血行或淋巴播散，主要损害网状内皮系统，呈现所谓“进行性播散性马内菲青霉病”。诊断重在提高警惕，确诊需要真菌培养鉴定和病理组织学检查。治疗选用两性霉素B，2周后改用伊曲康唑口服治疗10周，AIDS患者应长期使用伊曲康唑。
