男性尖锐湿疣患者可有瘙痒、外伤摩擦后流血、以及大的疣体继发感染后有恶臭。尿道内尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻。好发部位是冠狀溝、包皮、龟头、系带、尿道口、男性生殖器体、肛周和阴囊。乳头样或菜花样疣主要发生于湿润部位，如包皮腔、尿道口和肛周。圆形丘疹疣主要位于干燥部位，如男性生殖器干及有毛的會陰部，颜色可呈肤色或有色素沉着。
女性尖锐湿疣大多数无症状，有时可有瘙痒、疼痛、悻茭后流血和女性生殖道分泌物。女性损害常累及从宫颈到肛部所有鳞状上皮覆盖区域的多个部位，呈多中心病变，严重者可累及宫腔。宫颈湿疣多发生在宫颈移行区内，单发或多发，可融合，有点类似于乳头状上皮增生。
